mercredi 1 mai 2013

Poiscaille versus Dessein Intelligent

La théorie de l'évolution selon Madame Garrison de South Park! Cliquez ici pour voir la vidéo!

Je suis masochiste je ne peux m'empêcher de me faire du mal! Non pas en me mutilant à l'aide de lames de rasoire ou en m'amusant à éteindre des cigarettes sur mon avant-bras, non je fait bien pire et plus tordu que cela puisque je me force à lire toutes les salades pseudo-scientifiques réparties un peu près partout sur le Net! Ainsi je consulte souvent les sites des créationnistes adeptes du «Dessein Intelligent», j'y ai déjà consacré divers articles. Or récemment un article particulièrement amusant du créationniste Casey Luskin sur les Cœlacanthes, a attiré mon attention. Peu après la publication de cet article clownesque, le biologiste PZ Myers publia une réfutation détaillée des inepties de Casey Luskin. Au départ je n'avais pas pensé rédiger un billet sur ces joyeuses inepties créationnistes, cependant un détail a attiré mon attention. Mais avant d'entrer dans le vif du sujet voyons dans quel contexte de situe cette amusante prise de tête.


Cœlacanthe africain Latimeria chalumnae

Récemment une publication décrivant des analyses détaillées du génome de cœlacanthes africains, a beaucoup fait parler d'elle, car soutenant l'idée d'une «évolution plus lente» (notez les guillemets) des dits cœlacanthes par-apport aux tétrapodes que nous sommes. [1] Bien évidemment cette publication a fait l'objet de divers commentaires et critiques en plus des nécessaires rappels sur le caractère fallacieux du terme de «fossile vivant» pour parler des actuels Cœlacanthes. [2] Et pour davantage de détails sur le cœlacanthe ainsi que sur cette affaire je vous recommande les deux articles suivants de deux membres du C@fé des Sciences:

Un bon fossile est un fossile mort!

Beaucoup de gènes et un peu de gêne pour un fossile vivant : le retour du cœlacanthe

Bien évidemment dès qu'il y a quelques remous intellectuels dans la «blogosphère scientifique» et plus exactement «évolutionniste», les créationnistes tentent de s'y immiscer pour tenter de faire croire au plus grand nombre que l'idée même de l'évolution serait mise à mal (alors que les débats scientifiques sont tout ce qu'il y a de plus normal et de plus sain en Science)! Et à ce titre le créationniste Casey Luskin pense sincèrement avoir trouvé LA preuve mettant à mal l'idée même de fililation commune entre les espèce ou plus exactement notre filiation commune avec les cœlacanthes. Pour ce faire Casey Luskin se réfaire notamment à une donnée particulière de la récente étude du génome du cœlacanthe africain, à savoir les gènes codant une catégorie d'anticorps nommés Immonuglobuline W ou IgW. La particularité de l'IgW est d'être présent chez les poissons cartilagineux (Chondrichthyens), et chez les Cœlacanthes. En revanche l'IgW est totalement absent chez les Téléostéens et chez les Tétrapodes! Or Casey Luskin affirme qu'en se basant sur les gènes codant l'IgW nous obtenons une phylogénie des vertébérés en totale désaccord avec les phylogénies communément admises.

Phylogénie des vertébrés si l'on se base que sur la présence ou l'absence du caractère IgW. On remarque que l'arbre phylogénétique obtenue ne correspond pas du tout à la phylogénie communément admise. Casey Luskin pensant à tort que cela remettrait en question l'évolution en tant que telle!

Bien évidemment nous savons tous qu'on ne peut établir une phylogénie en se basant sur un seul caractère, qu'il soit génétique ou morphologique, car bien évidemment au niveau individuel des convergences évolutives ont lieu comme ici la perte des gènes IgW ayant eu lieu de manière indépendantes chez les Tétrapodes et chez les ancêtres des Téléostéens. C'est ce que rappel PZ Myers et donc l'objection de Casey Luskin est risible! Cependant j'ai remarqué que PZ Myers a omit un point important du «raisonnement» de Casey Luskin. Car voilà celui-ci semble en réalité admettre le fait qu'un caractère unique puisse être perdu deux fois de manière indépendante dans deux différentes lignées. Non En réalité Casey Luskin développe un «argument» bien plus étrange pour affirmer que la perte IgW ne tiendrait pas, et histoire de bien comprendre ce que ce créationniste affirme illustrons ces propos en image!

Phylogénie des poissons osseux selon Casey Luskin pour qui «le compte-rendu standard de l'évolution» stipulerait que les Téléostéens ont commencé à se diversifié avant l'apparition des Sarcoptérygiens. On remarque que selon ce scénario les Téléostéens formeraient donc un groupe paraphylétique. Et donc la perte des gènes IgW constaté chez les Téléostéens devraient donc s'être produit plusieurs fois de manière indépendant au sein de plusieurs lignées de Téléostéens. Problème Casey Luskin raconte n'importe quoi et donc se plante donc complètement!
 
Bon ok qu’est-ce que cette endive de Casey Luskin tente de démontrer ici? Simplement que la perte des gènes IgW chez les poissons à nageoires rayonnées (Téléostéens) serait problématique car selon lui cela impliquerait que ce gène ait été perdu de manière indépendante dans de multiples lignées de Téléostéens et non pas une fois chez un des ancêtres communs de ces derniers! Pourquoi? Parce que selon lui les téléostéens se seraient diversifiés avant que la branche des Sarcoptérygiens ne bifurque des autres, donc avant que la dite branche des Sarcoptérygiens ne voit le jour! Ce qui impliquerait selon le «raisonnement» de Casey Luskin, que les Téléostéens formeraient un clade paraphylétique! Or cette erreur particulièrement grossière de Casey Luskin est inexcusable sachant qu'il utilisait lui-même ce diagramme ci-dessous montrant que les Téléostéens forment bel et bien un clade monophylétique.

Phylogénie classique des vertébérés, avec mention des pertes du caractères IgW chez les ancêtre des Téléostéens et chez les ancêtres des Tétrapodes.

Et donc pas besoin d’évoquer de multiples pertes des gènes IgW de manière indépendante chez diverses lignées de Téléostéens! Certes certains connaisseurs en phylogénie des vertébrés peuvent noter que les poissons à nageoires rayonnées ne se limitent pas aux seuls Téléostéens mais inclue également l'ensemble des Actinoptérygiens. Mais cela ne change rien à l'affaire puisque les Actinoptérygiens (représentés en grande partie mais pas uniquement par les Téléostéens) forment également un groupe monophylétique. [3] La perte du gène IgW ayant très bien pu avoir eu lieu une seule fois durant l’évolution des Actinoptérygiens!

Phylogénie de la plupart des vertébérés. Il apparaît clairement que les Actinoptérygiens tout comme les Téléostéens (qui font partie des Actinoptérygiens) forment aussi un clade monophylétique. [3]

Et donc comment expliquer cette erreur particulièrement grossière de Casey Luskin? Certes la stupidité et la mauvaise foi de ce dernier sont sans aucun doute à blâmer, mais il y a  probablement selon moi un troisième facteur entrant en compte, à savoir une vision gradiste et obsolète de l'évolution. Ainsi malgré la fait que ce cher Casey Luskin avait déjà le diagramme phylogénétique correct sous les yeux, il a néanmoins réussit à en voir les poissons Téléostéens comme un véritable «marche-pied évolutif» des vertébrés! Pour plus d'informations sur la question des «marche-pied évolutif» voir ce précédent article! Je ne vois pas d'autre explication pour avoir commis une erreur aussi grossière...enfin aucune à part la stupidité et la mauvaise fois avérées du bonhomme! Mais aller assez parler poissons, et finissons cette longue et pédante tirade sur une sympathique vidéo des Monty Python mettant en scène des Poissons Téléostéens!



Références:

[1] Chris T. Amemiya et al (2013), The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution, Nature

[2] Didier Casane and Patrick Laurenti (2013), Why coelacanths are not 'living fossils': a review of molecular and morphological data, Bioessays

[3] Ricardo Betancur-R et al (2013), The Tree of Life and a New Classification of Bony Fishes, PLoS ONE

4 commentaires:

  1. oups désolé cryptosporidium01 j'ai accidentellement supprimé votre commentaire lors d'une fausse manip! Si vous voulez le repostez n'hésitez pas! Encore une fois mes plus plates excuses!

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    1. Oh ce n'est pas grave^^ je faisais juste une remarque sarcastique au sujet de l'intellect fortement prononcé des créationnistes dont tu montres ici un exemple frappant, en m'appuyant sur une petite publication humoristique : http://scienceblogs.com/tetrapodzoology/2011/04/01/science-meets-mokele-mbembe/
      Quand l'auteur fait mention de "mihaldification" c'est à dire de construction de matrices avec seulement un caractère, c'est EXACTEMENT ce que fait Luskin avec IgW et sa théorie plus plate que la poitrine d'une femelle varan. J'en croyais pas mes yeux quand j'ai lu ton article, il faut pas le laisser continuer il va trouver de la "rampant phylotardation" dans tout le monde vivant xD

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    2. Oui moi aussi j'ai dû relire plusieurs fois Casey Luskin pour être bien sûr qu'il ne disait pas des choses aussi énormes. Sinon merci pour la publication humoristique de Darren Naish ce dernier en à fait d'autres et c'est un régal! ;-)

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  2. J'ignorais qu'il en avait fait d'autres, thanks for the info ! Je les lirai avant longtemps^^ par contre *gnarf* j'ai commis l'erreur de lire quelques commentaires à la video de south park que tu as postée en introduction... J'ai l'habitude de lire des inepties sur youtube mais pour une raison que j'ignore ça me hérisse d'avantage en français.... A part ça bravo pour les références dans tes articles ça aide à mieux comprendre un paquet de trucs !

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