Rétrovirus, Placenta et Créationnisme

Comme vous le savez probablement déjà, environ 8% de notre génome est d’origine rétroviral, il s’agit des Rétrovirus Endogènes ou ERV (Endogenous Retrovirus). Si vous ignorez ce que sont les Rétrovirus Endogènes et quelles sont les origines de ces derniers je vous conseille la vidéo suivante.
 

Notez que dans le présente vidéo ils francisent également l’acronyme ERV (Endogenous Retrovirus) et le renomment RVE (Rétrovirus Endogène).

Bien et maintenant que vous savez ce qu’est un ERV (ou RVE) et accessoirement en quoi ils sont un formidable outil pour démontrer l’ascendance commune des différentes espèces, attaquons le vif du sujet, à savoir le rôle de certains ERV dans l’évolution de notre placenta.

Protéine virale et placenta

En effet une partie des rétrovirus endogènes acquis durant la longue évolution des mammifères ont été coopté pour l'élaboration du placenta. Certains ERVs contribuent ainsi à avoir une fonction immunosuppressive, fonction indispensable car sans elle le système immunitaire de la mère attaquerait l'embryon. Mais dans le présent article nous allons nous intéresser plus en détail à des ERVs qui permettent de synthétiser une protéine indispensable au placenta des mammifères que nous sommes, à savoir la Syncytine. La Syncytine dérive d’une protéine env, c’est-à-dire d’une protéine de l’enveloppe virale des rétrovirus. Les gènes viraux codant cette protéine se sont ainsi insérés chez les mammifères marsupiaux et euthériens qui ont ainsi acquis la capacité de synthétiser cette fameuse Syncytine [1]. Cette dernière permet aux cellules du placenta de fusionner entre elles (on parle d'activité fusogène) permettant l'établissement d'un syncytium, un tissu constitué de cellules à plusieurs noyaux (car issues de la fusion de plusieurs cellules) présent à l'interface materno-fœtale, et indispensable au bon fonctionnement du placenta de nombreux mammifères (dont celui des humains).

Diagramme 1. Diagramme d'une glycoprotéine d'enveloppe rétrovirale (a) Structure de la protéine d'enveloppe rétrovirale avec les sous-unités SU et TM, le peptide de fusion et le domaine immunosuppresseur. (ISD). (b) Les conséquences de l'interaction entre une protéine d'enveloppe rétrovirale et de son récepteur apparenté. (i) Cas d'une infection rétrovirale, le rétrovirus utilise sa glycoprotéine env pour engager une fusion membranaire avec la cellule cible et ainsi inséré son matériel génétique à l'intérieur de la cellule. (ii) Cas de fusion cellulaire, La cellule porteuse de la glycoprotéine d'origine virale (syncytine) entre en contact avec une autre cellule, la glycoprotéine permet là aussi une fusion des enveloppes et donc ici une fusion de deux cellules, et donc la formation d'un syncytium, cellule à deux voir plusieurs noyaux. (ii). (c) La fusion de cellules humaines et la formation de syncytia multi-nucléaires (processus similaire menant à la formation du syncytium) induite par transfection de cellules TE671 humaines par un vecteur d'expression syncytine-2.

À vue de nez le scénario est donc simple, l'ensemble des mammifères ayant un placenta avec syncytium, dérive d'un ancêtre commun ayant acquis un ERV dont le gène env à par la suite été coopté pour l'élaboration des dits syncytium que nous connaissons. Sauf que l’histoire est en réalité bien plus complexe. Plus complexe car d'une part il existe au moins quatre grands types de placentas. Il y a le placenta du type hémochorial (comme chez les humains) avec un syncytium bien constitué et une forte activité fusogène, le placenta de type endotheliochorial, différent du précédent type mais présentant lui aussi une activité fusogène importante et un syncytium, le placenta synepitheliochorial, propre aux ruminant et présentant une activité fusogène réduite et enfin le placenta épithéliochorial dépourvu de syncytium (voir diagramme 2). Le deuxième point complexifiant l'évolution des placentas est que la distribution des quatre types de placenta susmentionnées au sein des grands clades des mammifères, ne correspond pas à l'apparentement phylogénétiques de ces derniers (voir diagramme 2). Mais les choses deviennent plus claires lorsque l'on analyses les ERVs codant la Syncytine.

De multiples ERVs

En 2013 une équipe de chercheurs français publie une étude des plus intéressantes sur les ERVs impliqués dans le développement du placenta chez les mammifères. [2] Les chercheurs mettent à jours non pas un mais de multiples ERVs impliqué dans la synthèse de Syncytine et donc dans le développement du placenta. Mais plus fort encore ils déterminent que les ERVs en question ne sont pas les mêmes dans tous les clades de mammifères. Par exemple un des ERV synthétisant la Syncytine chez les carnivore comme les chiens et les chats n’est pas du tout le même que ceux synthétisant la Syncytine chez les primates. Mieux souvent ces ERVs ont une origine relativement récente, par exemple les ERVs impliqués dans la synthèse de Syncitine chez les primates datent d’il y a moins de 50 millions d’années. Soit beaucoup plus tard que l’apparition des premiers mammifères placentaires.

Diagramme 2. Diagramme présentant la capture de plusieurs ERVs codant la syntycine au cours de l'évolution de grands clades de mammifères, ainsi que l'arbre phylogénétique de ces clades, et les différentes structures placentaires au sein de ces derniers. (a) Arbre phylogénétique de quatre clades majeurs d'Euthériens (I) Afrotheria, (II) Xenarthra, (III) Euarchontoglires et (IV) Laurasiatheria, nous avons également les clades de mammifères plus basaux que sont les marsupiaux et les monotrèmes. Les quatre types de développement placentaires sont représentés par des carrés de couleurs (chaque couleur correspond à une boîte de la même couleur encadrant chaque type de placenta à droite du présent diagramme). Les triangles violets placés sur l'arbre phylogénétique, représentent les événements d'acquisition des différents ERVs codant la Syncytine répertoriés par cette étude (d'autres ERVs similaires existent également au sein des lignées où ils ne sont pas mentionnés ici, mais ils n'ont simplement pas été répertoriés par la présente étude, rapelons qu'une autre étude fait état de pareils ERVs chez les marsupiaux [1]), chez les différents clades de mammifères. (b) Enfin toute à droite du présent diagramme nous avons quatre cadres contenant chacun un type de développement placentaire différent (rappel la couleur des cadres correspond aux couleurs des carrées à l'extrémité de l'arbre phylogénétique).

De Multiples infections rétrovirales.

À partir de là le scénario évolutif des mammifères s'éclaire davantage. Premièrement rappelons que l'acquisition du placenta remonte au lointain ancêtre commun des mammifères marsupiaux et euthériens (les monotrème demeurant ovipares). Cette acquisition originelle du placenta a peut-être (voir probablement ) été possible grâce a l'endogénéisation d'au moins un premier rétrovirus ancestral ayant permis l'acquisition d'une fonction immunosuppressive ayant rendu possible la tolérance de l'embryon et du fœtus par son hôte maternelle.

Mais par la suite les rétrovirus continuèrent d'influer massivement l'évolution du placenta. Car alors que les mammifères se diversifiaient, ils continuèrent d'intégrer divers ERVs dont beaucoup furent cooptés pour leur Syncytine. Or l'impact des infections virales explique très probablement pourquoi le placenta est l’organe le plus variable parmi les mammifères (voir le diagramme 2 ainsi que l'étude de LAVIALLE et al 2013 [2]). En effet les divers placentas des diverses lignées de mammifères n’ont cessés d’évoluer au grès des diverses infections virales qui n'ont cessé de favoriser une forte divergence des diverses structures placentaires. Par ailleurs  un mammifère donnée même s'il possède déjà une activité fusogène lié à un ERV (appelons le ERV1), peut également au cours de son évolution acquérir un autre ERV (appelons le ERV2) synthétisant lui aussi de la Syncitine et étant lui aussi fusogène. Ce nouvelle ERV participant à son tour à une modification d'un placenta avec fusion des cellules. La lignée de mammifère ainsi concerné coévoluant avec ses hôtes d’origine viral. Le truc c’est qu’au cours de l’évolution l’ERV1 peut donc devenir obsolète et perdre son activité (devenir un des multiples ERV fossiles) voir disparaitre, ne laissant plus que l’ERV2 en activité. [3] Nous pouvons illustrer ce scénario via le digramme suivant.

Diagramme 3. Prenons l’exemple d’une lignée de mammifères possédant déjà un ERV1 doté d’un gène codant la syncytine (A). Un jour un nouveau rétrovirus infecte les cellules germinales d’un membre de cette espèce (B), le rétrovirus va subir une endogénéisation et ainsi donner naissance à l’ERV2 (C) dont le gène env est lui-même devenu un gène permettant la synthèse de la Syncytine, les gène gag et pol ayant de l’ancêtre virale de l’ERV ayant été quant à eux désactivé. Suite à l’arrivée de l’ERV2, le gène de la Syncytine de l’ERV1 est désactivé par une mutation, si bien qu’au final la lignée de mammifère en question ne conserve que la Syncytine de l’ERV2, l’ERV1 étant devenu un ERV fossile sans fonction aucune (D).

C’est ainsi que de nouveaux ERVs coopté pour la synthèse de la Syncytine, mais aussi pour d'autres fonctions, n’auraient cessé d’envahir le génome des mammifères, les nouveaux venus remplaçant parfois les anciens. De plus les ERVs codant la Syncytine différent sensiblement les uns des autres, se logent dans différentes parties du génome et évoluent de manières différentes avec leurs hôtes, expliquant ainsi la forte diversification des placentas chez les mammifères (voir le précédent diagramme)

Puis arrivèrent les créationnistes

Ben oui nous avons ici une étude élucidant une part importante de l’évolution des mammifères, il fallait bien que les créationnistes y amènent leur grain de sel. À savoir ici la créationniste Anne Gauger qui nous explique que cette étude met à mal la théorie de l’évolution car remettrait en cause l’ascendance commune des mammifères, rien que cela! Son «raisonnement» est le suivant:

«Ce que nous avons à expliquer est la cooptation, indépendante, spécifique et unique à chaque groupe de Syncytines pour une fonction qui est essentielle pour le développement placentaire, une caractéristique commune à tous les groupes de mammifères. Six origines indépendantes pour le placenta! Il n'y a aucune preuve d'une grande Syncytine ancestrale partagée par tous les groupes qui a ensuite été remplacé par d'autres Syncytines, donc l'explication de l'ascendance commune du placenta chez les mammifères échoue.» Ann Gauger

À cela je réponds «Bullshit»! Bullshit car les auteurs de l'étude n'affirment pas que le placenta ancestrale avait dès le départ une Syncytine (objectivement rien n'est sûr de ce côté là). Bullshit car comme je l’ai précisé plus haut, l’étude en question explique pourquoi les ERVs synthétisant la Syncytine ne sont pas les mêmes au sein des différentes lignées de mammifères, à savoir la répétition des insertions rétrovirales et le remplacement d’anciens ERVs par de nouveaux et qu'il n'est donc pas question dans cette étude de six origines indépendante du placenta. Bullshit aussi parce que l’étude à même la preuve de ce qu’elle affirme à ce titre je cite l’étude en question.

«Une conséquence de ce modèle est l’existence d’éléments attestant de Syncytines perdus chez les mammifères euthériens et c’est précisément ce qui fut trouvé dans une récente étude d'un autre gène de protéine d'enveloppe virale, qui appartient un provirus HERV-V, nommé envV, et qui est également exprimé dans le placenta humain, et dont le rôle putatif dans la formation du placenta humain reste à étudier, car il a été constaté que ce gène n’a pas d’activité fusogène. [67]. En fait, ce gène env est entré dans le génome des primates en concomitance avec le gène syncytine-2, qui est, âgé de plus de 45 Ma comme inféré de son présent rôle chez les primates. Fait intéressant, il a été montré récemment que le gène (le gène envV) est fusogène chez les cercopithécidés (Old World Monkeys), où il se comporte probablement encore comme une véritable syncytine, alors que son activité fusogène semble avoir été perdu chez les primates supérieurs (y compris chez les humains) ainsi que chez certains singes du Nouveau Monde [68].»  LAVIALLE Christian et al

Dit autrement nous avons ici l’exemple d’un ERV (le gène envV) qui a conservé son activité fusogène chez certaines espèces mais l’a perdu chez d’autres, ce qui confirme le modèle évolutif des ERVs des auteurs. Mais bien évidemment Ann Gauger passe très malhonnêtement sous silence ce passage clé de l’étude en question pour tenter de faire passer sa narration voulant que la multiplicité des ERVs chez les mammifères réfutent l’ascendance commune de ces derniers.

Mais pourquoi mentionner cette créationniste?

Ben oui était-ce vraiment nécessaire de mentionner une énième distorsion malhonnête venant de créationniste ? Je pense que cela est nécessaire car permettant de rappeler les ficelles d’une stratégie de propagande créationniste bien connue, à savoir la capacité à désinformé les gens en faisant croire que la position créationniste est scientifique. Une personne mal-informée pourrait penser que les créationnistes ont en fait la science de leur côté car citant des études qui apparemment démontrent la validité de leur position antiévolutionniste. Et souvent les créationnistes du «Discovery Institute» privilégient des études comme celles discutées dans le présent topic, à savoir des études qui traitent de sujet ma foi, déjà passablement complexes et qui ne sont pas forcément comprises par un profane non initié à ces thématiques. Dès lors il est toujours utile de démonter cette stratégie créationnistes particulièrement malhonnête et méprisable sur le plan intellectuelle puisque consistant à faire die à des études ce qu’elles ne disent pas via le «Quote Mining», le mensonge par omission et autre distorsions. Et bordel à titre personnelle je trouve particulièrement ignoble de distordre des études aussi fascinantes et riche d'enseignement pour faire passer un agenda idéologique moisi visant à abrutir les gens. Je ne comprendrais jamais comment ces personnes font pour ne pas avoir honte ça dépasse mon entendement.

 Notes et Références:

[1] Et oui les marsupiaux ont également deux types de placenta qui leur sont propre et ont également acquis des ERVs permettant la synthèse de Syncytine indépendamment de leurs cousins placentaires. CORNELISA Guillaume et al (2015), Retroviral envelope gene captures and syncytin exaptation for placentation in marsupials, Proceedings of the National Academy of Sciences

[2] LAVIALLE Christian et al (2013), Paleovirology of ‘syncytins’, retroviral env genes exapted for a role in placentation, Philosophical Transactions of the Royal Society

[3] Environ 85% des ERVs de notre génome sont en fait des ERVs fossiles dépourvus de séquences codantes et très probablement pour la plupart sans fonction aucune pour l'organisme, voir KATZOURAKIS Aris, RAMBAUT Andrew and PYBUS Olivier G (2005), The evolutionary dynamics of endogenous retroviruses ,TRENDS in Microbiology

Vidéo Bonus

Petite parenthèse IDiote

 Si jamais ce singe est un Nasique.

Laurence A. Moran les appels IDiots car comment qualifier par d'autre termes les partisans de l'ID («Intelligent Design»)? Récemment le site «Evolution News and Views», l'IDiot David Klinghoffer nous a sorti une des plus magnifiques perles dont seuls les IDiots ont le secret, à savoir la démonstration du «Dessein Intelligent» par la faible pilosité humaine! Pour ce faire David Klinghoffer se base sur les propos de Nina Jablonski, celle-ci évoquant (et soutenant) le scénario selon lequel nos ancêtres auraient perdu leur poils pour facilité la perte de chaleur que nécessitait la station debout et la pratique de la «course-à-pied» (qui aurait été utile d'un point de vue sélectif et bien évidemment lié à notre spécialisation à la locomotion bipède). Nina Jablonski soutenant également que cette perte de pilosité aurait également entrainé un assombrissement de la peau de nos ancêtres, sachant que ces derniers vivaient alors très probablement en Afrique et qu'un taux de mélanine élevé est nécessaire pour se protéger des rayonnements ultra-violets (Nina Jablonki présume donc comme d'autres que les premiers représentants du genre Homo étaient «noirs»). En se basant sur ce récit simplifié (et il faut le reconnaitre mis en avant de manière trop péremptoire par Nina Jablonski), David Klinghoffer en déduit qu'il tient là une démonstration flagrante de la supériorité du «Dessein Intelligent» par-apport au «darwinisme»!

 David Klinghoffer (ci-dessus) vous explique (ci-dessous) la démonstration du «Dessein Intelligent» par l'absence de poils!

«Mais comme Jablonski le fait également remarquer, sous leur fourrure les chimpanzés ont la peau claire. Otez leur la fourrure et vous avez donc un animal de couleur claire qui sous le chaud soleil africain, serait extrêmement vulnérable aux rayons nocifs du soleil. Donc, vous avez besoin d'une peau foncée. Mais donc que serait l'avantage évolutif de cela [la peau foncée] avant la transition menant à une perte des poils? Aucune c'est évident. Alors, qu'est-ce qui est apparu en premier? La course à pied? Mais cela nécessite une absence de fourrure. L'absence de fourrure alors? Mais cela nécessite la peau foncée. OK donc la peau sombre est apparue en premier? Mais cela revient en quelque sorte à anticiper son utilité future avant que le moindre avantage évolutif entre en jeu, ce qui semble donc être dangereusement téléologique. L'évolution darwinienne ne peut pas mettre ainsi des choses de côté à l'avance, avec une vue vers de leur utilité à un stade ultérieur de l'évolution de la lignée. D'un autre côté cette anticipation est une caractéristique du Dessein Intelligent, avec laquelle nous sommes tous familiers dans notre vie quotidienne. Dans le cas contraire, cet aveugle barattage darwinien semble avoir eu beaucoup de chance en sortant ensemble ces trois innovations simultanément juste au bon moment. Cela ressemble plus à une illustration d'une innovation à dessein, n'est-il pas?» David Klinghoffer

What the F...?

Bon ok que répondre à pareille démonstration d'ignorance, de bêtise et de mauvaise foi combinées? Si ce n'est qu'en bon IDiot David Klinghoffer se raccroche à une vision ultra-adaptationniste de l'évolution, à un «darwinisme naïf» voulant qu'une espèce devrait toujours, à n'importe quelle moment de son évolution, être parfaitement adapté à son milieu? Cette mauvaise cariacture de l'évolution, limitée à sa seule dimension «darwinienne» (vision des plus caricaturale qui plus est) permet donc à David Klinghoffer de s'attaquer ni plus ni moins à un stupide épouvantail!

Certes dans ce cas-ci on pourrait également reprocher à Nina Jablonski de privilégier elle-même de manière quasi-exclusive des scénarios adaptationnistes alors que des causes non-adaptatives pour la perte de notre pilosité sont également tout à fait plausibles. Mais cela n'excuse cependant en rien la bêtise de David Klinghoffer car celui-ci force alors le trait en n'envisageant pas une seule seconde le fait qu'une espèce peut-être très bien survivre sans être optimale sur tous les points (à ce titre souvenez-vous de l'exemple du clitoris de la Hyène) et donc exclue fallacieusement toute possibilité de «coévolution»* des différentes caractéristiques phénotypiques mentionnées ici. Bref vous l'avez compris de la bêtise créationniste pur jus!

Bon aller je referme ici la parenthèse IDiote, celle-ci étant juste une piqûre de rappel du véritable niveau intellectuel de ce créationnisme sophistiqué nommé «Dessein Intelligent».

* Oui je sais le terme «coévolution» est habituellement réservé à des espèces distinctes évoluent chacun en fonction de l'autre en raison de leurs influences réciproques. Mais bon ce terme reste ici pratique pour décrire l'évolution de différentes caractéristiques phénotypiques ayant un impact sur d'autres du point de vue sélectif au sein d'une même espèce.

Évolution des Oiseaux versus Dessein Intelligent, le retour!

Source de l'image

Si vous parcourez un peu mon blog vous remarquerez sans doute mon faible pour l'histoire évolutive des oiseaux et plus exactement pour l'origine dinosaurienne de ces derniers. Mon blog a d'ailleurs commencé avec un dossier en cinq parties (1, 2, 3, 4 & 5) consacrée à un démontage détaillé des assertions d'une poignée de chercheurs continuant mordicus à nier le fait que les oiseaux sont des dinosaures. Ces chercheurs s'étant d'ailleurs vu affublé du sobriquet de BANDits pour «Birds Are Not Dinosaurs».

Et pour confirmer mon intérêt pour ce sujet j'ai même consacré deux bon gros billets à réfuter les âneries des créationnistes du «Discovery Institute» ici et ici. Âneries selon lesquelles l'origine évolutive, ici dinosaurienne, des oiseaux (et par extension l'évolution en générale) ne seraient pas démontrée. Ces créationnistes s'appuyant d'ailleurs largement sur les sophismes des BANDits précédemment mentionnés pour soutenir leur âneries.

Je n'avais pas prévu de revenir sur ce qui a donc déjà été dit en long et en large dans le présent blog mais bon, un récent article du jeune créationniste Jonathan MacLatchie, m'a finalement poussé à y revenir car illustrant à merveille la malhonnêteté teintée de stupidité de ces «créationnistes sophistiqués».

Jonathan MacLatchie (alias JonathanM sur le blog du «Discovery Institute» intitulé «Evolution news & views»), est un jeune étudiant converti à la cause créationniste et plus exactement à la version sophistiquée de celui-ci communément nommée «Dessein Intelligent». JonathanM est donc un nouvel arrivant dans ce mouvement, un nouvel arrivant déjà passablement actif et ayant déjà pondu de nombreuses âneries. Mais là JonathanM a donc touché un sujet qui me tient à cœur à savoir l'évolution de la gente avienne à partir de petits dinosaures théropodes.

Cette «critique» de l'origine dinosaurienne des oiseaux s'inscrit dans une attaque à l'encontre du livre du biologiste Jerry Coyne intitulé «Why Evolution Is True». Ci-dessous je m'attèle donc à décortiquer et démonter les pseudo-arguments que JonathanM utilise pour soit disant remettre en cause l'origine dinosaurienne des oiseaux. Inutile de vous dire que je perdrai pas mon temps à remettre l'ensemble des assertions que JonathanM emploi à l'encontre de l'ouvrage de Jerry Coyne, ce qui suit suffisant déjà amplement à démontrer la malhonnêteté et la stupidité des assertions en question.

Bref voici par quels mot JonathanM commence sa «remise en question» de l'origine dinosaurienne des oiseaux:

«Features that have convinced many paleontologists of Archaeopteryx's transitional status with respect to theropod dinosaurs and birds include the fact that it possesses fully developed feathers (including primaries and secondaries) which were arranged on its wings in a manner similar to modern birds, as well as its reptilian features such as a long bony tail, the claws on its forelimbs and hindlimbs, and its teeth. Other fossilized birds, however, have been found to have teeth (e.g., Hesperornis) and, indeed, some modern birds (e.g., the ostrich) possess fingers on their wings.» JonathanM

JonathanM semble sous-entendre ici que Archaeoptéryx ne serait au final pas un si bel exemple de fossile transitionnel car les caractères «reptiliens» d'Archaeoptéryx se retrouverait chez d'autres oiseaux du Mésozoïque. Bon déjà là on se demande où se situerait le problème sachant qu'il est tout à fait attendu évolutivement parlant, que d'autres oiseaux du Mésozoïque retiennent eux aussi des caractères «reptiliens». De plus hormis que Archaeoptéryx possède une longue queue osseuse que ne possède pas les autres oiseaux basaux mentionnés ici par JonathanM, un simple regard sur la morphologie générale d’Archaeoptéryx nous montre que ce dernier était bien plus similaire à un dinosaure théropode non-avien tel que Vélociraptor qu’ à un oiseau comme Hesperornis.

Comparaison des squelettes de Vélociraptor, Archaeoptéryx et d’Hesperornis. Nous remarquons immédiatement qu’Archaeoptéryx est bien plus similaire à dinosaure non-avien tel que Vélociraptor qu’à Hesperornis.

Par ailleurs Vélociraptor avait également des plumes [1], de même que bon nombres d’autres dinosaures théropodes non-aviens. JonathanM échoue donc lamentablement à remettre en question l’existence de fossiles attestant l’apparentement des oiseaux avec les dinosaures.

Mais en bon créationniste JonathanM poursuit son enfumage des lecteurs en tentant de jeter un doute sur l’existence même des dinosaures à plumes.

«Moreover, an interesting paper appeared in the Journal of Morphology in 2005, challenging the evidence for feathered dinosaurs (Fedducia et al., 2005).» JonathanM

Le papier de Feduccia et al [2] ne concerne en réalité que Sinosauropteryx prima et non pas les autres dinosaures à plumes tels que Microraptor gui ou même Vélociraptor chez qui la présence de plumes a pu être avéré [1]. Alan Feduccia n’ayant d’ailleurs pas pu nier la présence de plumes chez les Dromaeosauridés, a alors affirmé que ces derniers étaient des oiseaux sans lien de parenté avec les dinosaures alors que dans les années 1990 il affirmait que ces mêmes Dromaeosauridés étaient des dinosaures sans lien de parenté avec les oiseaux….. [3]

JonathanM ignore les contradictions embarrassantes et injustifiées d’Alan Feduccia, et ignore donc que la présence de plumes chez les dinosaures est aujourd’hui parfaitement avéré! De plus la tentative de Feduccia et al de nier la présence de filaments de plumes chez Sinosauropteryx prima se pète les dents devants des analyses plus récentes montrant que les filaments en question possédaient des mélanosomes similaires à ceux des plumes des oiseaux actuels [4] (voir aussi ce précédent message) filaments qui ne sont donc de toute évidence pas des fibres de collagènes dégradés mais bel et bien des téguments homologues aux plumes des oiseaux!

Reconstitution en couleurs de Sinosauropteryx prima

JonathanM ne rapporte donc pas comme il se doit les connaissances acquises sur la présence de plumes chez les dinosaures théropodes. Il se contente de sélectionner une publication de Feduccia et al en ignorant la majeure partie de la littérature et des recherches scientifiques sur ce sujet dans le seul but de désinformer ses lecteurs. Et il continue en se référant au même Alan Feduccia concernant l'homologie des doigts des ailes des oiseaux.

«The researchers also "examine evidence relating to the most critical character thought to link birds to derived theropods, a tridactyl hand composed of digits 1-2-3." They find that "the evidence supports interpretation of bird wing digit identity as 2,3,4, which appears different from that in theropod dinosaurs."» JonathanM

JonathanM semble ignorer totalement le fait que l’apparente mise à mal de l’homologie des doigts des oiseaux avec ceux des dinosaures théropodes, a été résolue il y a un moment déjà, notamment par des etudes portants sur les genes Hox impliqués dans le dévloppement ontogénique de ces mêmes doigts. [5] [6] [7] Cela a déjà été discuté en détail dans ce précédent message.

Mais JonathanM ignore mystérieusement ces récentes avancées rendant ses objections caduques comme c'est étrange!

«Another paper published in the Journal of Morphology raises a further problem for the evolution of birds from theropod dinosaurs (Quick and Ruben, 2009).» JonathanM

Ok là encore je vous épargne les détails concernant les sophismes et la malhonnêteté de Quick et Ruben car ceux-ci ont déjà été analysés et décortiqués dans ce précédent message. Retenons juste une chose selon Quick et Ruben l’origine dinosaurienne des oiseaux serait mis à mal parce que les dinosaures théropodes auraient un fémur trop mobile pour permettre la présence de sacs aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux. Quick et Ruben sous-entendant dans leur entretien accordé  la presse que les dinosaures théropodes ne pourraient pas avoir de sacs aériens abdominaux semblables à ceux des oiseaux et donc que cela mettrait à mal la parenté dinosaures-oiseaux.

Or comme cela a déjà été discuté dans ce précédent message Quick et Ruben débitent n’importe quoi!

Pourquoi?

Parce que dans leur publication scientifiques les mêmes Quick et Ruben reconnaissent que selon leur «modèle», les oiseaux basaux tels que Archaeoptéryx n’auraient eux-mêmes pas pu avoir pareils sacs aériens abdominaux car selon eux ces oiseaux avaient eux aussi un fémur bien trop mobile pour cela! À ce titre j'avais traduit les propos de Quick et Ruben en français pour que cela soit bien clair!

Le fémur n'atteint pas sa position sub-horizontale avant la fin du Crétacé chez les ornithurines (oiseaux primitifs) comme cela est indiqué par la présence de l'antitrochanter, bien que certains oiseaux de la sous classe des énantiornithes (autre groupes d'oiseaux primitifs) avaient peut être déjà cette orientation fémorale (Hertel et Campbell, 2007). Nos données indiquent que les premières formes aviaire (Archaeopteryx, confuciusornithines et certains oiseaux enantiornithines) ont peut être un volume pelvien analogue à celui de l'autruche, mais il semble peu probable qu'ils aient été capables d'avoir pu efficacement empêché l'effondrement paradoxal de leurs sacs aériens abdominaux à cause de leurs courts iliaque post-acétabulaire et ischium (Naples et al., 2002) ainsi qu'en raison de la position verticale de leurs fémurs. Quick and Ruben [8]

Comment Quick et Ruben peuvent donc prétendre mettre à mal la parenté dinosaures-oiseaux en raison de cette histoire de fémur trop mobile alors qu’ils affirment en même temps que les premiers oiseaux avaient eux-mêmes pareille mobilité du fémur? De plus cette histoire de fémur empêchant la présence de sac aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux actuels, est des plus bancale (voir cet article du paléontologue Darren Naish). Et donc JonathanM ignore les contradictions flagrantes  et les faiblesses des propos de Quick et Ruben et prend donc position en faveur d’une parfaite ânerie!

Rappelons également comme cela avait déjà été discuté dans ce précédent message que pour John Ruben tout comme pour les autres BANDits à savoir Alan Feduccia et Larry Martin, les Dromaeosauridés (ci-dessus un Vélociraptor tentant d’attraper des oiseaux primitifs nommés Confuciusornis) seraient des oiseaux «primitifs» et non pas des dinosaures (en rappelant qu’avant les années 2000 ils prétendaient tous les trois exactement le contraire!). Aussi si John Ruben affirme que la position du fémur de ces dinosaures théropodes leur interdits d’être de proches parents des oiseaux, comment peut-il en même temps affirmer que les Dromaeosauridés sont des oiseaux? Là encore John Ruben se contredit et pire encore se discrédite complètement! 

Et en parlant d’ânerie en bon créationniste JonathanM ne s’arrête pas à cette dernière et après avoir pris parti en faveur des propos contradictoires et bancaux de John Ruben, il passe directement à la suivante:

«Another problem with the claim that birds descended from theropod dinosaurs is that the forelimbs of birds must be able to support their wings and are thus well developed. But the theropods possessed very small forelimbs, which are hardly credible precursors to those of birds and, indeed, a creature like Archaeopteryx.» JonathanM

JonathanM pense-t-il vraiment qu’un membre ne peut pas s’allonger au cours de son évolution? Affirmation grotesque et gratuite de sa part!

L'allongement des pattes au cours de l'évolution? Impossible je vous dis! Parole de Lévrier!

Les dinosaures théropodes non-aviens avaient certes pour la plupart, des membres antérieurs plus courts que ceux des oiseaux, mais pour beaucoup de ces dinosaures théropodes les membres antérieurs demeuraient fonctionnels et il n’y a aucune raison de penser que ceux-ci n’auraient pas pu s’allonger au cours de l’évolution notamment sous l’influence de diverses pressions sélectives. Souvenons-nous des hypothèses évolutives quant à l’utilité possible de membres antérieurs plus longs chez les ancêtres des oiseaux. Si ces hypothèses ne sont bien évidemment pas possible à confirmer elles demeurent plausibles et ne sont pas exclusives. De plus l’allongement d’un membre ne représente pas quelque chose d’extraordinaire évolutivement parlant, les affirmations péremptoires de JonathanM étant donc du registre du pur sophisme et encore je suis gentil!

Mais attendez encore une fois JonathanM ne s’arrête pas là et s’enfonce encore davantage dans la bêtise.

«A further difficulty pertains to explaining the origin of feathers. If, as is conventionally maintained, feathers evolved from scales, one has to posit some kind of Darwinian explanation for their evolution from perhaps frayed scales, which must include some kind of genetic basis for every step from frayed scale to fully sculptured feather complete with its many specialized features. Based on what we presently know of the genetic mechanisms, structure and molecular composition of functioning feathers, the proposition that these structures evolved from frayed scales may now reasonably be regarded as highly implausible.» JonathanM

Encore une fois difficile de dire si JonathanM est un parfait malhonnête ou un parfait ignare. Car voilà la présente prose sur l’impossibilité de l’évolution des plumes à partir d’écailles effilochées est au mieux une grave démonstration d’ignorance de sa part au pire un méprisable épouvantail et donc une démonstration flagrante de malhonnêteté.

Pourquoi?

Parce que les chercheurs n’affirment guère que les plumes ont évolué à partir d’écailles effilochés! [9] À ce titre je vous laisse vous référez à cet article de Taupo sur l’évolution des plumes. Car comme vous pourrez le constater les recherches menées notamment par Richard O. Prum sur l’ontologie des plumes tendent à montrer que celles-ci n’ont pas directement évolués à partir d’écailles mais au contrairement directement à partir de placodes. Cela rendant la présente objection de JonathanM totalement à caduque ou mieux dit complètement à côté de la plaque!

Schéma simplifié de l'évolution des plumes au regard de ce que nous enseigne la biologie du développement via notamment les études de Richard O. Prum. [9] Les plumes n'ayant donc pas évolué à partir d'écailles effilochées mais de placodes. Voir l'excellent article de Taupo consacré à l'évolution des plumes.

Et il est quand même affligeant qu’un étudiant en biologie qui prétend réfuter une théorie scientifique ne se renseigne pas correctement sur l’état actuelles des connaissances de la théorie en question! Alors ignorance ou malhonnêteté? Hélas difficile de lui accorder la bénéfice du doute en attribuant ces propos à la première, car à la fin de sa «critique» de l’origine dinosaurienne des oiseaux, JonathanM témoigne de la malhonnêteté la plus crasse qui soit!

«Finally, anyone who has carefully followed the scientific discussion on evolution and the fossil record will doubtless be aware that Archaeopteryx has relatively recently been knocked off its perch, as it were, as the first bird, following the discovery of Xiaotingia zhengi in western Liaoning, China, in rocks dating to the late Jurassic epoch, 161-145 million years ago (Xu et al., 2011). As one news report in Nature put it, "we are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus."» JonathanM

Soupirs.....

Si vous aviez lu ce précédent message ou alors simplement les articles que JonathanM cite lui-même vous ne pouvez que partager ma consternation face à la bêtise de ce dernier. Car au mieux JonathanM nous prouve qu'il n'est qu'un imbécile inconséquent au pire qu'il est un imbécile inconséquent doublé d'un malhonnête.  Pourquoi? Simple reprenons l’extrait du communiqué de la revue «Nature» que JonathanM cite lui-même:

«We are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus.» Lawrence M. Witmer [10]

Et maintenant si vous lisez entier les deux articles que cite JonathanM c'est-à-dire le communiqué de Lawrence M. Witmer de la revue «Nature» [10] ainsi que l'étude consacré à Xiaotingia zhengi [11] vous comprendrez que ces derniers stipulent simplement que Archaeoptéryx serait phylogénétiquement d’avantage apparenté aux Deinonychosauriens comme Vélociraptor qu’il ne l’est aux oiseaux. Chose dont j'avais moi-même discuté plus en détail dans ce précédent message!

Traditionnellement Archaeoptéryx est considéré comme étant le premier oiseau car classé comme étant phylogénétiquement plus apparentés aux oiseaux qu’aux dinosaures non-aviens comme Vélociraptor (A). Cependant la découverte de Xiaotingia zhengi suggère donc que Archaeoptéryx pourrait être, à l’instar de Vélociraptor, un dinosaure non-avien (B). Notons toutefois que cette remise en question de la phylogénie traditionnellement admise pour Archaeoptéryx, a elle-même été remise en question par une autre étude arrivant à la conclusion qu'Archaeoptéryx serait malgré tout phylogénétiquement plus proche des oiseaux qu'il ne l'est de Vélociraptor [12].

Et donc JonathanM prétend donc que la remise en question du statut de «premier oiseau» habituellement attribué à Archaeoptéryx, Archaéoptéryx qui serait donc considéré comme un dinosaure à plumes non-avien, mettrait à mal l’origine dinosaurienne des oiseaux. Le même JonathanM qui avant citait des articles qui prétendaient que les dinosaures à plumes n’existent pas! L’incohérence est ici totale, JonathanM fait preuve de la bêtise créationniste la plus crasse qui soit!

Conclusion:

Les propagandistes créationnistes sont malhonnêtes et idiots! Oui bon ça on le savait déjà me direz-vous mais bon à cela on peut simplement ajouter qu’il est déprimant de voir que certains dépensent une telle énergie à désinformer les gens en prétendant faire de la «science», le tout au service d’une idéologie n’ayant rien de scientifique. Et hélas les créationnistes ne sont pas les seuls souvenons-nous en effet des étrons racistes qu’avait étalé un sinistre cornichon! Moralité méfiez-vous des fumistes en tout genre et tant que j'y pense, pour ceux qui vivent dans les hautes lattitudes de l'hémisphère nord cet hiver n’oubliez de nourrir nos dinosaures contemporains en mettant graines à disposition de ces derniers dans votre jardin ou sur le bord de votre fenêtre!

Références: 

[1] Alan H. Turner Peter J. Makovicky and Mark A. Norell (2007), Feather Quill Knobs in the Dinosaur Velociraptor, Science

[2] Alan Feduccia et al (2005), Do Feathered Dinosaurs Exist? Testing the Hypothesis on Neontological and Paleontological Evidence, Journal of Morphology

[3] Richard O. Prum (2003), Are current critiques of the theropod origin of birds science? Rebuttal to Feduccia (2002), The Auk

[4] Richard O. Prum et al (2010), Plumage Color Patterns of an Extinct Dinosaur, Science

[5] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), Birds Have Dinosaur Wings: The Molecular Evidence, Journal of Experimental Zoology

[6] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), The digits of the wing of birds are 1, 2, and 3. a review, Journal of Experimental Zoology

[7] Alexander O. Vargas et al (2008), The Evolution of HoxD-11 Expression in the Bird Wing: Insights from Alligator mississippiensis, PLoS ONE

[8] Devon E. Quick and John A. Ruben (2009), Cardio-Pulmonary Anatomy in Theropod Dinosaurs: Implications From Extant Archosaurs, Journal of Morphology

[9] Richard O. Prum (2005), Evolution of the Morphological Innovations of Feathers, Journal of Experimental Zoology

[10] Lawrence M. Witmer (2011), An icon knocked from its perch, Nature

[11] Xu Xing et al (2010), Pre-Archaeopteryx coelurosaurian dinosaurs and their implications for understanding avian origins, Chinese Science Bulletin

[12] Michael S. Y. Lee and Trevor H. Worthy (2011), Likelihood reinstates Archaeopteryx as a primitive bird, The Royal Society