Yi qi: Un dinosaure aux ailes de chauve-souris?

La paléontologie nous a déjà gratifié de nombreuses surprises, et les dinosaures n'ont pas été en reste. Cependant dans le registre du bizarre et de l'inattendu le dernier venu, ayant fait l'objet d'une publication dans la prestigieuse revue « Nature » [1], crève littéralement le plafond! Trêve d'introduction pompeuse, Mesdames et Messieurs je vous présente Yi qi.

Image 1. Reconstitution artistique de Yi qi. Notez que la disposition exacte de la membrane demeure cependant incertaine (voir Image 3).

Que dire? Premièrement bien que le nom binomial attribué à ce spécimen soit en mandarin (Yi = aile et qi = étrange), il est, une fois n'est pas coutume, très facile à retenir et à écrire. Et cela en plus de parfaitement correspondre au spécimen ainsi nommé, c'est le moins que l'on puisse dire! Pour le reste observez le fossile en question (cliquez sur l'image pour agrandir).

Image 2. Fossile du spécimen nommé Yi qi, notez la magnifique conservation des plumes.

Magnifique n'est-il pas? Franchement qu'avons nous de plus étrange à ce jour qu'un dinosaure à plumes doté d'une tige osseuse semblable à celle des ailes des chauves souris, des ptérosaures et même à celles des membres antérieurs d'écureuils volants tels que Petaurista leucogenys? Car oui comme le montre le diagramme ci-dessous, cet étrange dinosaure devait disposer d'une membrane semblable aux animaux susmentionnés. Bref Yi qi, était un dinosaure à plumes ne volant (ou planant), non pas grâce ses dites plumes, mais bel et bien grâce à des membranes semblables à celles de nos chauves-souris!

Image 3. a, b et c: Trois possibles dispositions de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière. d: Aile de chauve-souris. e: Aile d'oiseau. f: Aile de ptérosaure. g: Membrane de l'écureuil volant Petaurista leucogenys.

À partir de là il n'y a pas grand chose à ajouter, si ce n'est que, comme le montre les schémas ci-dessus, la disposition de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière, demeurent incertaines. Donc prudence sur la disposition de la membrane. Enfin notons que Yi ki a été classé non sans raison dans le clade des Scansoriopterygidae (Image 4), clade comprenant déjà le très original Epidexipteryx hui.

Image 4. Phylogénie simplifiée des Coelurosauria et plus exactement de Paraves, montrant la position phylogénétique attribué à Yi qi au sein de ce clade. Notons que cette phylogénie est toujours susceptibles de possibles modifications.

Dernière remarque, hormis d'être à ce jour le seul dinosaure connu à disposer de pareilles tiges osseuses, il est peu probable qu'il s'agisse d'un ancêtre des oiseaux. En revanche ce dinosaure atypique montre que les Maniraptoriens ont expérimenté différentes évolutions pour un mode de déplacement similaire, à savoir le vol, ou tout du moins le vol plané. Alors que certains tels que Archaeoptéryx, Microraptor gui puis les oiseaux à proprement parler, développèrent des rémiges élaborés ; d'autres Maniraptoriens développèrent des membranes (soutenues entre autre par une tige osseuse ou cartilagineuse) semblables à celles des Chauves-souris et des Ptérosaures!

Décidément les dinosaures n'ont pas fini de nous surprendre!

Référence:

XU, Xing et al (2015), A bizarre Jurassic maniraptoran theropod with preserved evidence of membranous wings, Nature

L'Histoire de Deux Corneilles

Corneille Mantelée (Corvus cornix) à gauche et Corneille Noire (Corvus corone) à droite

L’intitulé ce cet article est donc «L' Histoire de deux corneilles» (titre que j'ai honteusement copié et traduit de l'article du biologiste Jerry Coyne) ou mieux dit l'Histoire de deux populations de corneilles européennes, à savoir la corneille noire (Corvus corone) et la corneille mantelée (Corvus cornix). Deux populations de corneilles qui ont donc chacune leur nom binominal en latin servant à définir des espèces. Ainsi si l’on s’en tenait à la nomenclature Corvus corone et Corvus cornix seraient bel et bien deux espèces distinctes. Problème comme pour l’ourse polaire (Ursus maritimus) et l’ours brun (Ursus arctos), ces deux populations de corneilles sont interfécondes! Mais c’est encore pire lorsque l’on analyse le génome de ces deux populations sur leurs aires respectives de distribution. [1]

Aires de distribution de la corneille noire (gris foncé) et de la corneille mantelée (gris clair) le présent diagramme indiquant égalament la localisation des individus dont le génome a été étudié dans l'étude citée dans le présent article. [1]

En effet une récente étude mené par J. W. Poelstra, N. Vijay et al [1] montre de manière claire que les corneilles noires allemandes sont génétiquement plus proches des corneilles mantelées suédoises que des corneilles noires espagnoles. Difficile dès lors de considérer les corneilles noires et les corneilles mantelées comme deux espèces distinctes car de toute évidence les flux de gènes sont relativement réguliers, même si limités, entre ces deux populations de corneilles. Mais l'étude pointe également vers d'intéressantes exceptions à cette dernière constatation. En effet sur plus de huit millions de «Single Nucleotide Polymorphism» (SNPs) analysés seuls 83 distinguait de manière catégorique (c’est-à-dire étaient fixées ou presque fixées) corneilles noires et corneilles mantelées et 81 des 82 SNPs en question se situent sur un seul chromosome à savoir le dix-huitième chromosome! [1] Et comme on peut s'y attendre les SNPs incriminés correspondent à des séquences génétiques impliqués dans la couleur du plumage!

Comme le schématise la divergence génétique entre différentes populations de corneilles via les plus de 80 millions de SNPs situés sur l'ensemble du génome. Nous remarquons par exemple que pour la majeure partie du génome, l’indice  de fixation Fst est moindre est moindre entre corneilles noires allemandes et corneilles mantelées suédoise qu’il ne l’est entre corneilles noires allemandes et corneilles noires espagnoles. Donc que les corneilles noires allemandes sont génétiquement plus proches des corneilles mantelées suédoises qu'elle ne le sont des corneilles noires espagnoles. Cependant nous remarquons sur l'ensemble du génome quelques exceptions. En effet il existe des séquences génétiques qui divergent énormément entre l’ensemble des corneilles noires et des corneilles mantelées, y compris entre corneilles noires allemandes et corneilles mantelées suédoises. C'est sur le chromosome numéro dix-huit que se concentrent l'essentiel de ces SNPs séparant nettement les corneilles noires des corneilles mantelées. [1]

Mais pourquoi alors que pour la majorité du génome les différents allèles voyagent relativement librement d’une population à l’autre, certains allèles, ceux codant de la couleur ne parviennent pas à circuler librement via les flux de gènes ayant pourtant court entre corneilles noires et corneille mantelée. Pourquoi? La réponse s’appelle «sélection sexuelle»! En effet parmi les SNPs variant de manière importantes en fréquence entre corneilles noires et corneilles mantelées, certains se trouvent également sur des séquences impliquées dans la vision et donc très probablement dans les préférences visuelles de ces corneilles! La conséquence de tout ceci est que les corneilles de chaque population ont tendance à privilégier les accouplements avec des corneilles ayant le même plumage. Dit autrement une corneille noire sera davantage attirée par une corneille noire et une corneille mantelée davantage attiré par une corneille mantelée (j'ignore cependant à ma connaissance si la préférence ne concerne que les mâles pour les femelles ou les femelles pour les mâles ou alors que celle-ci marche dans les deux sens). Ainsi malgré l’existence de quelques échanges génétiques assurant la proximité génétique des populations de corneilles noires et mantelées voisines l’une de l’autre, les deux populations demeurent in fine phénotypiquement distinctes. Les quelques hybrides parvenant à s’accoupler avec soit des corneilles noires soit des corneilles mantelés, ont généralement au final des descendants sans particularité phénotypique les distinguant de manière claire de la population dans laquelle ils ont alors été absorbés.

Mais attendez une minute!

Oui attendez car il y a un truc cloche! En effet si des flux de gènes ont ainsi lieux entre ces deux populations de corneilles, normalement recombinaisons génétiques et autres «crossover» devraient permettre à terme grâce aux hybridations sporadiques mentionnées ci-dessus, la naissance de corneilles noires ayant une préférence visuelle pour les corneilles mantelées et inversement des corneilles mantelées ayant une préférence pour des corneilles noires! Et cela d'autant plus qu'il n'existe pas de barrières géographiques et écologiques difficilement franchissable séparant ces deux populations de corneilles! Dès lors pourquoi malgré ces incontestables flux de gènes, même dans les zones où ces deux populations se recoupent, les corneilles noires ont toujours une préférence pour les autres corneilles noires et les corneilles mantelées pour les autres corneilles mantelées aux point que les deux populations semblent toujours bien distinctes l'une de l'autre? Ou si l'on s'interroge directement au niveau des séquences génétiques, pourquoi chaque allèle (par exemple l'allèle favorisant une préférence pour la couleur noire) des séquences impliquée dans la préférence visuelle d'un couleur particulière demeure-t-il toujours associé à l'allèle codant la même couleur (donc la couleur noire) et pas à l'autre? La réponse tiendrait en un mot: «Inversion»! Qu’est-ce qu’une inversion? La réponse en image!
 

Bien maintenant retenez le digramme ci-dessus et expliquons de manière simplifiée, comme l'a fait Jerry Coyne, cette histoire d’inversion dans notre histoire de corneilles. Rassurez-vous c’est assez simple. Imaginons que la séquence «D» de notre chromosome schématisé ci-dessus, soit responsable de la couleur du plumage de nos corneilles et que la séquence «F» soit responsable de la préférence visuelle de nos corneilles pour un plumage de couleur spécifique. Un jour une inversion se produit et se répand au sein d’une des populations de corneilles comme le montre le schéma ci-dessus. Une fois que cette inversion a eu lieu il n’est virtuellement plus possible d’avoir de «crossover» (voir diagramme ci-dessous) sur les régions «D» et «F» entre la population porteuses de l’inversion et celles ne la possédant pas, car tout «crossover» dans cette région se solderait par la perte d’une séquence génétique vitale sur les chromosomes concernés et engendrerait donc probablement des zygotes non-viables. Dès lors ces séquences, celles codant la couleur du plumage et celle codant la préférence visuelle, vont évoluer toutes les deux de concert mais de manière indépendante entre la population porteuse de l’inversion et celle chez laquelle celle-ci est absente. Dès lors qu’une préférence visuelle pour une couleur est présente dans une population et une autre dans l'autre population, celles-ci persisteront et demeuront telles quelles dans chacune des deux populations en question!

Dans le cas d’un «crossing-over» ordinaire (A) nous avons un morceau de chaque chromosome homologue qui est échangé avec l’autre, ce qui contribue au brassage d’allèles comme le montre le diagramme ci-dessus. Cependant une inversion peut compliquer les choses et empêcher la viabilité de certains crossing-over (B), car si des gènes et/ou séquences vitaux ont été touchés par l’inversion, alors un crossing over peut déboucher sur la perte totale du dit gène ou de la dite séquence sur le chromosome concerné alors qu’il se retrouve à la place avec la copie excédentaire d’une séquence et/ou d’un gène qu’il possède déjà. Ce phénomène pourrait expliquer le maintien de la barrière comportementale séparant des deux populations de corneilles en fonction de leurs phénotypes respectifs.

Dès lors il est virtuellement impossible d’avoir des corneilles noires ayant une préférence visuelle pour les corneilles mantelées et des corneilles mantelées ayant une préférence visuelle pour les corneilles noires, la couleur du plumage et la préférence visuelle pour celle-ci, demeurant fixées telles quelles dans chacune des deux populations de corneilles malgré les flux de gènes sporadiques entre ces dernières. Flux de gènes que ces préférences visuelles limitent par ailleurs de manière sensible le tout favorisant éventuellement une possible spéciation à venir entre ces deux populations de corneilles. Et notez bien que (1) il s'agit de toute évidence d'une évolution récente et que (2) il ne s'agirait pas du seul cas de divergence populationnelle et possiblement in fine de spéciation, provoquée par une «Inversion», comme le rappellent les auteurs de cette étude [1].

Une question demeure encore: Doit-on considérer ces deux populations de corneilles comme deux espèces distinctes? Personnellement et comme d’autres l'ont me semble-t-il déjà exprimé, je dirais que non, au mieux pourrait-on les considérer comme deux sous-espèces. Mais au final cela n’a pas spécialement d’importance. La notion d’espèce étant certes utile mais il faut garder à l’esprit que celle-ci n’est pas toujours adéquate ou commode pour décrire certaines populations d’être vivants aux relations et situations complexes ne se laissant pas capturer par nos catégorisations platoniciennes . Ce qui compte c’est de comprendre correctement les relations et situations en question cela ne voulant bien-évidemment pas dire que la notion d’espèce ne demeure pas une notion tout à fait commode et utile dans de nombreux autres cas.

Référence:

[1] J. W. Poelstra, N. Vijay et al (2014), The genomic landscape underlying phenotypic integrity in the face of gene flow in crows, Science

Origine des oiseaux: Une solution nommée Aurornis xui?

 Reconstitution d'Aurornis xui

En bon fan des dinosaures, et plus encore des dinosaures à plumes, je n'ai guère pu passer à côté de la récente publication consacré à un nouveau venu, le dénommé Aurornis xui! Et comment le rater au rgard du titre de la publication qui lui est consacrée, à savoir:«A Jurassic avialan dinosaur from China resolves the early phylogenetic history of birds» [1]! Rien que cela!

C'est donc sans hésiter j'ai sauté sur la publication en question en allant directement observer la phylogénie proposée. Et effectivemment c'est du lourd, car le dénommé Aurornis xui serait le représentant le plus basal des Avialae! En d'autre terme et pour ceux qui aiment que l'on soit clair Aurornis xui serait l'Avialae connu qui serait le plus proche (phylogénétiquement parlant) du dernier ancêtre commun partagé par les Troodontidés (comme Troodon) et Archaeoptéryx. Plus fort encore les Troodontidés seraient eux-même phylogénétiquement plus proches des oiseaux qu'il ne le sont des Dromaeosauridés (comprenant notamment le célèbre Vélociraptor). Donc «exit» le taxon des Deinonychosauriens qui devient alors paraphylétique! Mieux Aurornis xui, non seulement par sa position phylogénétique mais également de par sa morphologie (bon faut dire que la première est déduit de la seconde), serait un excellent modèle de ce à quoi devait ressembler le dernier ancêtre commun des Avialae, en question! Et histoire de bien comprendre tout cela observons la phylogénie proposé par l'étude en question!

Diagramme phylogénétique des Paraves selon la nouvelle étude de Pascal Godefroit et al (2013), notez la position d'Aurornis xui à la base du taxon des Avialae, donc tout près du dernier ancêtre commun d'Archaeoptéryx (et plus généralement de l'ensemble des oiseaux) et des Troodontidés. Notons aussi la position d'Anchiornis huxleyi parmi les Avialae et non pas parmi les Troodontidés où il fut précédemment classé [2]. Et surtout notez que les Troodontidés sont classés comme étant phylogénétiquement plus proches des oiseaux que des Dromaeosauridés! Enfin notez la position de Balaur bondoc initialement classé parmi les Dromaeosauridés mais qui se retrouve ici parmi les Avialae. Mais bon concernant Balaur bondoc j'en rediscuterai à la fin du présent message

Il faut dire que pour cette nouvelle étude nous sommes particulièrement gâtés, car un des coauteurs de celle-ci n'est autre qu'Andrea Cau paléontologue italien et blogueur actif de la blogosphère dinosaurienne! Et comme on pouvait s'y attendre Andrea Cau amène diverses précisions concernant son étude sur son excellent blog! En effet concernant la morphologie d'Aurornis xui, Andrea Cau précise que la morphologie de ce dernier est extrêmement semblable au modèle hypothétique nommé Proavis qu'avait proposé Gregory Scott Paul comme représentant le plus basal de la gente avienne! Ce modèle pro-avien hypothétique datant de 2002, se basait alors déjà sur les divers critères morphologiques des Paraves alors connus à l'époque, afin d'estimer ce à quoi devrait probablement ressembler le dernier ancêtre commun des Avialae et des autres Paraves.

Comparaison du «modèle hypothétique» de Proavis de Gregory Scott Paul en (A) et du squelette d'Aurornis xui en (B). Andrea cau note que ces deux spécimen l'un hypothétique et l'autre réel, ont des proportions étrangements similaires, cela le confortant dans l'idée qu'Aurornis xui soit effectivemment le plus basal représentant du clade des Avialae! Notons que ce potionnement phylogénétique d'Aurornis xui, repose également sur l'analyse de nombreux caractères morphologiques!

Tout cela semble donc étrangement concordant et donc ferait bel et bien d'Aurornis xui, le représentant le plus basal des Avialae connu à ce jour! Cependant l'étude vient tout juste de paraître et souvenons-nous que ce n'est pas la première fois que la découverte d'un nouveau dinosaure à plumes remet en cause les phylogénie précédentes. Comme l'avait souligné Lawrence M. Witmer les différences espèce du groupe des Paraves vont nous paraître de plus en plus similaires les unes aux autres au fur et à mesure que nous nous rapprocherons de leur ancêtre commun. [3] Mais cela risque également de complexifier les reconstructions phylogénétiques et on le voit bien aujourd'hui, puisque que ce n'est pas la première fois que la découverte d'un nouveau dinosaure à plumes remet en cause la position phylogénétique de dinosaures à plumes y compris celle du très célèbre Archaeoptéryx! [4]

Balaur bondoc, What the fuck?

Pour ceux qui l'ignoreraient Balaur bondoc est un mystérieux Maniraptorien se caractérisant notamment par un Hallux anormalement grand. Balaur bondoc fut initialement classé comme étant un Dromaeosauridé atypique en raison même de la «faucille» caractéristique des Dromaeosauridés que forme la griffe de son deuxième doigt de pied! [5] Or dans la présente étude  Pascal Godefroit et al (2013) voilà maintenant que nous retrouvons Balaur bondoc classé parmi les oiseaux et pas parmi les plus basaux de ces derniers puisqu'il serait même phylogénétiquement plus proche de Sapeornis que d'Archaeptéryx! Andrea Cau comprend que ce revirement phylogénétique puisse surprendre mais pourtant assure que c'est ce qui ressort d'une pris en compte d'un grand nombre de caractères et souligne à juste titre que ce n'est pas la première fois que des scientifique reclassent Balaur bondoc parmi les oiseaux! Pour autant concernant Balaur bondoc je suis doublement sceptiques parce que ce fossile est la fois très atypique et très incomplet et donc je pense que l'on aurait mieux fait de s'abstenir de le prendre en compte dans cette étude de Pascal Godefroit et al (2013), mais bon je peux me tromper!

Ossements et reconstitution partielle de Balaur bondoc, on remarque ses caractéristiques particulières que sont une réduction du troisième doigts de ses membres antérieurs, ainsi que son doigt de pied numéro 1 (Hallux), très développé tellement développé qu'il rappelle la «faucille» formés du deuxième doigts.

Et donc sans rejeter la reconstruction phylogénétique proposé ici par Pascal Godefroit et al (2013), je pense qu'il nous faut rester très prudent car il ne serait guère surprenant que très prochainement le fossile d'un nouveau Paraves ne bouleverse de nouveau la phylogénie de ces derniers! Aussi dès à présent j'attends avec impatience les futures réactions et commentaires des divers scientifiques de la blogosphère dinosaurienne. Les reconstructions phylogénétiques d'Andrea Cau seront peut-être vertement critiquées bien que je pense que certains afficheront simplement un très sain scepticisme sans pour autant nier la possibilité voir même la probabilité non-négligeable qu'Aurornis xui soit réellement un représentant basal du clade des Avialae! Nous verrons bien dans tous les cas un nouveau venu parmi les dinosaure à plumes c'est toujours une bonne nouvelle qu'on se le dise!

PS: Merci au rédacteur de Sciences & Avenir qui a cité mon précédent article sur la position incertaines d'Archaeoptéryx! Petite mise au point cependant si l'auteur de l'article concerné venait à me lire: Vous dites que Archaeoptéryx est présenté comme un ancêtre dans ce diagramme, or cela est inexacte, Archaeoptéryx est simplement présenté, à juste titre, comme un oiseau basal disparu, à savoir une lointain cousin, mais non un ancêtre direct à proprement parler.  Il en va de même pour  Aurornis xui, que vous présentez comme un ancêtre alors qu'il n'est probablement lui aussi qu'un proche cousin de l'ancêtre commun des Avialae et par extension proche de l'ancêtre commun des oiseaux et des Troodontidés. Car même si il est théoriquement possible qu'Aurornis xui soit un ancêtre direct il est bien plus probable qu'il ne soit qu'un cousin qu'un réel ancêtre des oiseaux.

Références:

[1] Pascal Godefroit et al (2013), A Jurassic avialan dinosaur from China resolves the early phylogenetic history of birds, Nature

[2] Dongyu Hu et al (2009), A pre-Archaeopteryx troodontid theropod from China with long feathers on the metatarsus, Nature

[3] Lawrence M. Witmer (2009), Feathered dinosaurs in a tangle, Nature

[4] Xing Xu et al (2011), An Archaeopteryx-like theropod from China and the origin of Avialae, Nature

[5] Zoltán Csiki et al (2010), An aberrant island-dwelling theropod dinosaur from the Late Cretaceous of Romania, Proceedings of the National Academy of Sciences

Mésanges tueuses et Dinos à plumes

Entre une Mésange Charbonnière (Parus major) et un Vélociraptor il y a davantage de points communs que vous le pensez! À droite la magnifique reconstitution d'un Vélociraptor attaquant un Protocéraptos est l’œuvre du paléo-artiste Peter Schouten!

Qui n’a pas déjà vu ces petits passereaux très communs chez nous? Ils sont si beaux, si mignons et aux petits piaillements si délicats? Je parle bien sûr des Mésanges Charbonnières! Ah ces chères Mésanges Charbonnières, petits passereaux insectivores et granivores, qu’il est toujours agréable d’avoir dans son jardin n'est-il pas? Vous pouvez même leur y installer des nichoirs et avec un peu de chances certains viendront y établir leur nid. Ce qu’en revanche vous ignorez sans doute c’est qu’alors vous accueillerez dans votre propriété des animaux potentiellement sanguinaires, de redoutables prédateurs sans pitié aucune!

Hein quoi? Pourtant on parle bien de Mésanges Charbonnières pas de Pies-grièches adeptes de l’empalement de proies! Hélas la mésange charbonnière elle aussi est capable d’une cruauté et d’une violence propre aux plus redoutables prédateurs! C’est par le paléontologue Darren Naish (d'autres francophones de la toile ici et là ayant cependant déjà noté cela avant moi) que j’ai appris toute la vérité sur nos (pas si) adorables mésanges charbonnières, vérité dont témoigne parfaitement une des victimes de ces mésanges (voir image ci-dessous)!
 

Chauve-Souris mise à mort et dépecer par des mésanges charbonnières! Notez que ces dernières ont privilégié le cerveau de leur victime!

Ca fout un coup n’est-il pas? Certains pourront me rétorquer «Oui mais peut-être que les mésanges ne font que dépecer des Chauves-Souris déjà mortes ou alors s’attaquent-t-elles qu’à des Chauves-Souris mourantes»! À cela je réponds Que Nenni! L’image ci-dessus provient d’une étude faite par une équipe de chercheurs, Péter Estók et al (2009) [1], dont les membres ont observé et décrit les modes opératoires qu’utilisent les mésanges charbonnières pour traquer les Chauves-Souris dans leurs crevasses avant de froidement tuer ces dernières. Impitoyables nos mésanges semblent exploiter à leur profit les cris émises par les Chauves-Souris lorsque celles-ci se réveillent (même brièvement). Ce qui est autant ironique que tragique étant donné que ces cris semblent avoir d’habitude la fonction inverse, à savoir dissuader et repousser certains prédateurs mammifères des Chauves-Souris. [2] Mais donc loin de dissuader les mésanges, ces cris permette au contraire à ces passereaux assoiffées de sang d’identifier la position exacte de leurs victimes qu’elles n’auront plus ensuite qu’à tuer, dépecer et dévorer avec une préférence pour la cervelle de leurs dites victimes!

Sizerins flammés (Acanthis flammea) tués par des mésanges charbonnières. Plus d'informations sur le blog «Tetrapod Zoology» de Darren Naish.

Mais un avocat zélé de nos mésanges rétorquerait que le comportement prédateur de ces dernières, ne s’exprime que dans des conditions extrêmes à savoir en hiver lorsque le froid et le manque de nourriture se font cruellement sentir! Après tout c'est également dans certaines circonstances particulières, par exemple en cas de sécheresse, que certains «Pinsons de Darwin» pourtant granivores se transforment en véritables vampires, alors bon que des mésanges tuent quand il fait froid avec rien à bouffer d'accord mais cela n'a peut-être lieu que dans des situations exceptionnelles.  C’est sans doute en partie vrai, hélas comme le souligne l’étude de Péter Estók et al les mésanges charbonnières n’hésitent pas à mobiliser leur talent de tueuses durant la belle saison, mettant à mort d’autres oiseaux dans le cadre de compétions pour les meilleurs lieux de nidifications! [3] Bien évidemment nous savons déjà tous que certains oiseaux sont de redoutables prédateurs mais que cela vienne de petits passereaux semblant parfaitement inoffensifs cela peut en surprendre plus d'un y compris votre serviteur!

Tueurs à plumes!
 
Les mésanges charbonnières nous rappellent donc que même les plus petits et apparemment inoffensifs des passereaux, peuvent s’avérer être les plus redoutables des tueurs, mais si vous êtes un lecteur régulier du présent blog, ou simplement un passionné de bio-évolution, cela doit vous rappeler qui étaient les plus proches cousins de nos oiseaux, à savoir les redoutables Deinonychosauriens (aussi appelés communément «raptors»)! À ce titre Darren Naish souligne que les passereaux s’adonnent parfois à de violentes bagarres «à la Vélociraptor».

 

Mésanges charbonnières en plein combat.

Dit autrement nos amis à plumes même les plus petits, duveteux et si mignons puissent-ils nous paraître, n’en sont pas moins les dignes héritiers des redoutables prédateurs Deinonychosauriens du Mésozoïque! Cela m’amenant à une dernière réflexion, ou plutôt à un coup de gueule! Oui un coup de gueule contre ceux qui prétendent que la présence de plumes chez les dinosaures rendrait ces derniers moins effrayants! Certains pensant réellement qu'un  «raptor» recouvert de plumes n'aurait plus grand intérêt car ne ferait plus peur et, comme me l'avait signalé Ethaniel, reviendrait même chez certains à véritablement briser un rêve d'enfance!

Certes ce genre de réactions vis-à-vis des dinosaures à plumes m'amuse, mais parfois comme c'est le cas pour Brian Switek cette hostilité pour ne pas dire mépris à l’encontre des dinosaures à plumes m’agace au plus haut point car pourquoi diable un «raptor» serait-il moins effrayant parce que couvert de plumes? Souvenez-vous des œuvres des mésanges, précédemment citées, mais essayez également de vous représenter, comme l’a dit Brian Switek, un «raptor» en train de laver son plumage du sang de son dernier forfait! Ou mieux encore souvenez-vous des possibles modalités de mise-à-mort qu’impliqueraient (peut-être) les avant-bras emplumés des «raptors». [4]

Petite BD de xkcd comics et reconstitution d'un Deinonychus en pleine capture et mise à mort de sa proie, issue de l'étude de PLoS ONE mentionnés dans la BD ci-dessus! [4]

Et avec ça certains affirment que les plumes rendraient les «raptors» moins effrayant c’est à n’y rien comprendre! Bref pour la justice que nous nous devons de rendre aux dinosaures et plus spécifiquement aux Deinonychosauriens, n’oubliez pas que ces derniers avaient des plumes. Et vu que «Jurassic Park 4» continuera très probablement à nous montrer des «raptors» sans plumes il ne faudra pas compter sur moi pour aller voir ce film qui ne rendra donc nullement justice à ces fascinants dinosaures!*

* Oui je sais que beaucoup justifient cette absence probable de plumes par la contrainte de la «continuité scénaristiques». Pour eux le quatrième opus de la franchise «Jurassic Park» ne peut se permettre de montrer des «raptors» à plumes car ces derniers n'en avaient pas durant les précédents opus de la saga. Mais bon l'intérêt de «Jurassic Park» en 1993, était justement qu'il mettait en scène des dinosaures correspondant aux avancées de la «Renaissance des Dinosaures» (malgré des inexactitudes non-négligeables pour certains dinosaures). Or là le quatrième opus de «Jurassic Park» va probablement assoir son noble postérieur sur deux décennies d'avancées scientifiques pour nous montrer des «raptors» à peau uniformément écailleuse ne correspondant donc nullement à ce que nous savons aujourd'hui de ces animaux et participera donc à diffuser une image fausse de ces fascinants animaux auprès du grand public! Quel gâchis!

Références:

[1] Péter Estók, Sándor Zsebők and Björn M. Siemers (2013), Great tits search for, capture, kill and eat hibernating bats, Biology Letters Royal Society Publishing

[2] K.A.Martin and M.B. Fenton (1978), Possible defensive function for calls given by bats (Myotis lucifugus) arousing from torpor, Canadian Journal of Zoology

[3] Juha Merilä and David A. Wiggins (1995), Competition for Nest Holes Causes Adult Mortality in the Collared Flycatcher, The Condor

[4] Denver W. Fowler et al (2011), The Predatory Ecology of Deinonychus and the Origin of Flapping in Birds, PLoS ONE

Évolution des Oiseaux versus Dessein Intelligent, le retour!

Source de l'image

Si vous parcourez un peu mon blog vous remarquerez sans doute mon faible pour l'histoire évolutive des oiseaux et plus exactement pour l'origine dinosaurienne de ces derniers. Mon blog a d'ailleurs commencé avec un dossier en cinq parties (1, 2, 3, 4 & 5) consacrée à un démontage détaillé des assertions d'une poignée de chercheurs continuant mordicus à nier le fait que les oiseaux sont des dinosaures. Ces chercheurs s'étant d'ailleurs vu affublé du sobriquet de BANDits pour «Birds Are Not Dinosaurs».

Et pour confirmer mon intérêt pour ce sujet j'ai même consacré deux bon gros billets à réfuter les âneries des créationnistes du «Discovery Institute» ici et ici. Âneries selon lesquelles l'origine évolutive, ici dinosaurienne, des oiseaux (et par extension l'évolution en générale) ne seraient pas démontrée. Ces créationnistes s'appuyant d'ailleurs largement sur les sophismes des BANDits précédemment mentionnés pour soutenir leur âneries.

Je n'avais pas prévu de revenir sur ce qui a donc déjà été dit en long et en large dans le présent blog mais bon, un récent article du jeune créationniste Jonathan MacLatchie, m'a finalement poussé à y revenir car illustrant à merveille la malhonnêteté teintée de stupidité de ces «créationnistes sophistiqués».

Jonathan MacLatchie (alias JonathanM sur le blog du «Discovery Institute» intitulé «Evolution news & views»), est un jeune étudiant converti à la cause créationniste et plus exactement à la version sophistiquée de celui-ci communément nommée «Dessein Intelligent». JonathanM est donc un nouvel arrivant dans ce mouvement, un nouvel arrivant déjà passablement actif et ayant déjà pondu de nombreuses âneries. Mais là JonathanM a donc touché un sujet qui me tient à cœur à savoir l'évolution de la gente avienne à partir de petits dinosaures théropodes.

Cette «critique» de l'origine dinosaurienne des oiseaux s'inscrit dans une attaque à l'encontre du livre du biologiste Jerry Coyne intitulé «Why Evolution Is True». Ci-dessous je m'attèle donc à décortiquer et démonter les pseudo-arguments que JonathanM utilise pour soit disant remettre en cause l'origine dinosaurienne des oiseaux. Inutile de vous dire que je perdrai pas mon temps à remettre l'ensemble des assertions que JonathanM emploi à l'encontre de l'ouvrage de Jerry Coyne, ce qui suit suffisant déjà amplement à démontrer la malhonnêteté et la stupidité des assertions en question.

Bref voici par quels mot JonathanM commence sa «remise en question» de l'origine dinosaurienne des oiseaux:

«Features that have convinced many paleontologists of Archaeopteryx's transitional status with respect to theropod dinosaurs and birds include the fact that it possesses fully developed feathers (including primaries and secondaries) which were arranged on its wings in a manner similar to modern birds, as well as its reptilian features such as a long bony tail, the claws on its forelimbs and hindlimbs, and its teeth. Other fossilized birds, however, have been found to have teeth (e.g., Hesperornis) and, indeed, some modern birds (e.g., the ostrich) possess fingers on their wings.» JonathanM

JonathanM semble sous-entendre ici que Archaeoptéryx ne serait au final pas un si bel exemple de fossile transitionnel car les caractères «reptiliens» d'Archaeoptéryx se retrouverait chez d'autres oiseaux du Mésozoïque. Bon déjà là on se demande où se situerait le problème sachant qu'il est tout à fait attendu évolutivement parlant, que d'autres oiseaux du Mésozoïque retiennent eux aussi des caractères «reptiliens». De plus hormis que Archaeoptéryx possède une longue queue osseuse que ne possède pas les autres oiseaux basaux mentionnés ici par JonathanM, un simple regard sur la morphologie générale d’Archaeoptéryx nous montre que ce dernier était bien plus similaire à un dinosaure théropode non-avien tel que Vélociraptor qu’ à un oiseau comme Hesperornis.

Comparaison des squelettes de Vélociraptor, Archaeoptéryx et d’Hesperornis. Nous remarquons immédiatement qu’Archaeoptéryx est bien plus similaire à dinosaure non-avien tel que Vélociraptor qu’à Hesperornis.

Par ailleurs Vélociraptor avait également des plumes [1], de même que bon nombres d’autres dinosaures théropodes non-aviens. JonathanM échoue donc lamentablement à remettre en question l’existence de fossiles attestant l’apparentement des oiseaux avec les dinosaures.

Mais en bon créationniste JonathanM poursuit son enfumage des lecteurs en tentant de jeter un doute sur l’existence même des dinosaures à plumes.

«Moreover, an interesting paper appeared in the Journal of Morphology in 2005, challenging the evidence for feathered dinosaurs (Fedducia et al., 2005).» JonathanM

Le papier de Feduccia et al [2] ne concerne en réalité que Sinosauropteryx prima et non pas les autres dinosaures à plumes tels que Microraptor gui ou même Vélociraptor chez qui la présence de plumes a pu être avéré [1]. Alan Feduccia n’ayant d’ailleurs pas pu nier la présence de plumes chez les Dromaeosauridés, a alors affirmé que ces derniers étaient des oiseaux sans lien de parenté avec les dinosaures alors que dans les années 1990 il affirmait que ces mêmes Dromaeosauridés étaient des dinosaures sans lien de parenté avec les oiseaux….. [3]

JonathanM ignore les contradictions embarrassantes et injustifiées d’Alan Feduccia, et ignore donc que la présence de plumes chez les dinosaures est aujourd’hui parfaitement avéré! De plus la tentative de Feduccia et al de nier la présence de filaments de plumes chez Sinosauropteryx prima se pète les dents devants des analyses plus récentes montrant que les filaments en question possédaient des mélanosomes similaires à ceux des plumes des oiseaux actuels [4] (voir aussi ce précédent message) filaments qui ne sont donc de toute évidence pas des fibres de collagènes dégradés mais bel et bien des téguments homologues aux plumes des oiseaux!

Reconstitution en couleurs de Sinosauropteryx prima

JonathanM ne rapporte donc pas comme il se doit les connaissances acquises sur la présence de plumes chez les dinosaures théropodes. Il se contente de sélectionner une publication de Feduccia et al en ignorant la majeure partie de la littérature et des recherches scientifiques sur ce sujet dans le seul but de désinformer ses lecteurs. Et il continue en se référant au même Alan Feduccia concernant l'homologie des doigts des ailes des oiseaux.

«The researchers also "examine evidence relating to the most critical character thought to link birds to derived theropods, a tridactyl hand composed of digits 1-2-3." They find that "the evidence supports interpretation of bird wing digit identity as 2,3,4, which appears different from that in theropod dinosaurs."» JonathanM

JonathanM semble ignorer totalement le fait que l’apparente mise à mal de l’homologie des doigts des oiseaux avec ceux des dinosaures théropodes, a été résolue il y a un moment déjà, notamment par des etudes portants sur les genes Hox impliqués dans le dévloppement ontogénique de ces mêmes doigts. [5] [6] [7] Cela a déjà été discuté en détail dans ce précédent message.

Mais JonathanM ignore mystérieusement ces récentes avancées rendant ses objections caduques comme c'est étrange!

«Another paper published in the Journal of Morphology raises a further problem for the evolution of birds from theropod dinosaurs (Quick and Ruben, 2009).» JonathanM

Ok là encore je vous épargne les détails concernant les sophismes et la malhonnêteté de Quick et Ruben car ceux-ci ont déjà été analysés et décortiqués dans ce précédent message. Retenons juste une chose selon Quick et Ruben l’origine dinosaurienne des oiseaux serait mis à mal parce que les dinosaures théropodes auraient un fémur trop mobile pour permettre la présence de sacs aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux. Quick et Ruben sous-entendant dans leur entretien accordé  la presse que les dinosaures théropodes ne pourraient pas avoir de sacs aériens abdominaux semblables à ceux des oiseaux et donc que cela mettrait à mal la parenté dinosaures-oiseaux.

Or comme cela a déjà été discuté dans ce précédent message Quick et Ruben débitent n’importe quoi!

Pourquoi?

Parce que dans leur publication scientifiques les mêmes Quick et Ruben reconnaissent que selon leur «modèle», les oiseaux basaux tels que Archaeoptéryx n’auraient eux-mêmes pas pu avoir pareils sacs aériens abdominaux car selon eux ces oiseaux avaient eux aussi un fémur bien trop mobile pour cela! À ce titre j'avais traduit les propos de Quick et Ruben en français pour que cela soit bien clair!

Le fémur n'atteint pas sa position sub-horizontale avant la fin du Crétacé chez les ornithurines (oiseaux primitifs) comme cela est indiqué par la présence de l'antitrochanter, bien que certains oiseaux de la sous classe des énantiornithes (autre groupes d'oiseaux primitifs) avaient peut être déjà cette orientation fémorale (Hertel et Campbell, 2007). Nos données indiquent que les premières formes aviaire (Archaeopteryx, confuciusornithines et certains oiseaux enantiornithines) ont peut être un volume pelvien analogue à celui de l'autruche, mais il semble peu probable qu'ils aient été capables d'avoir pu efficacement empêché l'effondrement paradoxal de leurs sacs aériens abdominaux à cause de leurs courts iliaque post-acétabulaire et ischium (Naples et al., 2002) ainsi qu'en raison de la position verticale de leurs fémurs. Quick and Ruben [8]

Comment Quick et Ruben peuvent donc prétendre mettre à mal la parenté dinosaures-oiseaux en raison de cette histoire de fémur trop mobile alors qu’ils affirment en même temps que les premiers oiseaux avaient eux-mêmes pareille mobilité du fémur? De plus cette histoire de fémur empêchant la présence de sac aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux actuels, est des plus bancale (voir cet article du paléontologue Darren Naish). Et donc JonathanM ignore les contradictions flagrantes  et les faiblesses des propos de Quick et Ruben et prend donc position en faveur d’une parfaite ânerie!

Rappelons également comme cela avait déjà été discuté dans ce précédent message que pour John Ruben tout comme pour les autres BANDits à savoir Alan Feduccia et Larry Martin, les Dromaeosauridés (ci-dessus un Vélociraptor tentant d’attraper des oiseaux primitifs nommés Confuciusornis) seraient des oiseaux «primitifs» et non pas des dinosaures (en rappelant qu’avant les années 2000 ils prétendaient tous les trois exactement le contraire!). Aussi si John Ruben affirme que la position du fémur de ces dinosaures théropodes leur interdits d’être de proches parents des oiseaux, comment peut-il en même temps affirmer que les Dromaeosauridés sont des oiseaux? Là encore John Ruben se contredit et pire encore se discrédite complètement! 

Et en parlant d’ânerie en bon créationniste JonathanM ne s’arrête pas à cette dernière et après avoir pris parti en faveur des propos contradictoires et bancaux de John Ruben, il passe directement à la suivante:

«Another problem with the claim that birds descended from theropod dinosaurs is that the forelimbs of birds must be able to support their wings and are thus well developed. But the theropods possessed very small forelimbs, which are hardly credible precursors to those of birds and, indeed, a creature like Archaeopteryx.» JonathanM

JonathanM pense-t-il vraiment qu’un membre ne peut pas s’allonger au cours de son évolution? Affirmation grotesque et gratuite de sa part!

L'allongement des pattes au cours de l'évolution? Impossible je vous dis! Parole de Lévrier!

Les dinosaures théropodes non-aviens avaient certes pour la plupart, des membres antérieurs plus courts que ceux des oiseaux, mais pour beaucoup de ces dinosaures théropodes les membres antérieurs demeuraient fonctionnels et il n’y a aucune raison de penser que ceux-ci n’auraient pas pu s’allonger au cours de l’évolution notamment sous l’influence de diverses pressions sélectives. Souvenons-nous des hypothèses évolutives quant à l’utilité possible de membres antérieurs plus longs chez les ancêtres des oiseaux. Si ces hypothèses ne sont bien évidemment pas possible à confirmer elles demeurent plausibles et ne sont pas exclusives. De plus l’allongement d’un membre ne représente pas quelque chose d’extraordinaire évolutivement parlant, les affirmations péremptoires de JonathanM étant donc du registre du pur sophisme et encore je suis gentil!

Mais attendez encore une fois JonathanM ne s’arrête pas là et s’enfonce encore davantage dans la bêtise.

«A further difficulty pertains to explaining the origin of feathers. If, as is conventionally maintained, feathers evolved from scales, one has to posit some kind of Darwinian explanation for their evolution from perhaps frayed scales, which must include some kind of genetic basis for every step from frayed scale to fully sculptured feather complete with its many specialized features. Based on what we presently know of the genetic mechanisms, structure and molecular composition of functioning feathers, the proposition that these structures evolved from frayed scales may now reasonably be regarded as highly implausible.» JonathanM

Encore une fois difficile de dire si JonathanM est un parfait malhonnête ou un parfait ignare. Car voilà la présente prose sur l’impossibilité de l’évolution des plumes à partir d’écailles effilochées est au mieux une grave démonstration d’ignorance de sa part au pire un méprisable épouvantail et donc une démonstration flagrante de malhonnêteté.

Pourquoi?

Parce que les chercheurs n’affirment guère que les plumes ont évolué à partir d’écailles effilochés! [9] À ce titre je vous laisse vous référez à cet article de Taupo sur l’évolution des plumes. Car comme vous pourrez le constater les recherches menées notamment par Richard O. Prum sur l’ontologie des plumes tendent à montrer que celles-ci n’ont pas directement évolués à partir d’écailles mais au contrairement directement à partir de placodes. Cela rendant la présente objection de JonathanM totalement à caduque ou mieux dit complètement à côté de la plaque!

Schéma simplifié de l'évolution des plumes au regard de ce que nous enseigne la biologie du développement via notamment les études de Richard O. Prum. [9] Les plumes n'ayant donc pas évolué à partir d'écailles effilochées mais de placodes. Voir l'excellent article de Taupo consacré à l'évolution des plumes.

Et il est quand même affligeant qu’un étudiant en biologie qui prétend réfuter une théorie scientifique ne se renseigne pas correctement sur l’état actuelles des connaissances de la théorie en question! Alors ignorance ou malhonnêteté? Hélas difficile de lui accorder la bénéfice du doute en attribuant ces propos à la première, car à la fin de sa «critique» de l’origine dinosaurienne des oiseaux, JonathanM témoigne de la malhonnêteté la plus crasse qui soit!

«Finally, anyone who has carefully followed the scientific discussion on evolution and the fossil record will doubtless be aware that Archaeopteryx has relatively recently been knocked off its perch, as it were, as the first bird, following the discovery of Xiaotingia zhengi in western Liaoning, China, in rocks dating to the late Jurassic epoch, 161-145 million years ago (Xu et al., 2011). As one news report in Nature put it, "we are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus."» JonathanM

Soupirs.....

Si vous aviez lu ce précédent message ou alors simplement les articles que JonathanM cite lui-même vous ne pouvez que partager ma consternation face à la bêtise de ce dernier. Car au mieux JonathanM nous prouve qu'il n'est qu'un imbécile inconséquent au pire qu'il est un imbécile inconséquent doublé d'un malhonnête.  Pourquoi? Simple reprenons l’extrait du communiqué de la revue «Nature» que JonathanM cite lui-même:

«We are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus.» Lawrence M. Witmer [10]

Et maintenant si vous lisez entier les deux articles que cite JonathanM c'est-à-dire le communiqué de Lawrence M. Witmer de la revue «Nature» [10] ainsi que l'étude consacré à Xiaotingia zhengi [11] vous comprendrez que ces derniers stipulent simplement que Archaeoptéryx serait phylogénétiquement d’avantage apparenté aux Deinonychosauriens comme Vélociraptor qu’il ne l’est aux oiseaux. Chose dont j'avais moi-même discuté plus en détail dans ce précédent message!

Traditionnellement Archaeoptéryx est considéré comme étant le premier oiseau car classé comme étant phylogénétiquement plus apparentés aux oiseaux qu’aux dinosaures non-aviens comme Vélociraptor (A). Cependant la découverte de Xiaotingia zhengi suggère donc que Archaeoptéryx pourrait être, à l’instar de Vélociraptor, un dinosaure non-avien (B). Notons toutefois que cette remise en question de la phylogénie traditionnellement admise pour Archaeoptéryx, a elle-même été remise en question par une autre étude arrivant à la conclusion qu'Archaeoptéryx serait malgré tout phylogénétiquement plus proche des oiseaux qu'il ne l'est de Vélociraptor [12].

Et donc JonathanM prétend donc que la remise en question du statut de «premier oiseau» habituellement attribué à Archaeoptéryx, Archaéoptéryx qui serait donc considéré comme un dinosaure à plumes non-avien, mettrait à mal l’origine dinosaurienne des oiseaux. Le même JonathanM qui avant citait des articles qui prétendaient que les dinosaures à plumes n’existent pas! L’incohérence est ici totale, JonathanM fait preuve de la bêtise créationniste la plus crasse qui soit!

Conclusion:

Les propagandistes créationnistes sont malhonnêtes et idiots! Oui bon ça on le savait déjà me direz-vous mais bon à cela on peut simplement ajouter qu’il est déprimant de voir que certains dépensent une telle énergie à désinformer les gens en prétendant faire de la «science», le tout au service d’une idéologie n’ayant rien de scientifique. Et hélas les créationnistes ne sont pas les seuls souvenons-nous en effet des étrons racistes qu’avait étalé un sinistre cornichon! Moralité méfiez-vous des fumistes en tout genre et tant que j'y pense, pour ceux qui vivent dans les hautes lattitudes de l'hémisphère nord cet hiver n’oubliez de nourrir nos dinosaures contemporains en mettant graines à disposition de ces derniers dans votre jardin ou sur le bord de votre fenêtre!

Références: 

[1] Alan H. Turner Peter J. Makovicky and Mark A. Norell (2007), Feather Quill Knobs in the Dinosaur Velociraptor, Science

[2] Alan Feduccia et al (2005), Do Feathered Dinosaurs Exist? Testing the Hypothesis on Neontological and Paleontological Evidence, Journal of Morphology

[3] Richard O. Prum (2003), Are current critiques of the theropod origin of birds science? Rebuttal to Feduccia (2002), The Auk

[4] Richard O. Prum et al (2010), Plumage Color Patterns of an Extinct Dinosaur, Science

[5] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), Birds Have Dinosaur Wings: The Molecular Evidence, Journal of Experimental Zoology

[6] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), The digits of the wing of birds are 1, 2, and 3. a review, Journal of Experimental Zoology

[7] Alexander O. Vargas et al (2008), The Evolution of HoxD-11 Expression in the Bird Wing: Insights from Alligator mississippiensis, PLoS ONE

[8] Devon E. Quick and John A. Ruben (2009), Cardio-Pulmonary Anatomy in Theropod Dinosaurs: Implications From Extant Archosaurs, Journal of Morphology

[9] Richard O. Prum (2005), Evolution of the Morphological Innovations of Feathers, Journal of Experimental Zoology

[10] Lawrence M. Witmer (2011), An icon knocked from its perch, Nature

[11] Xu Xing et al (2010), Pre-Archaeopteryx coelurosaurian dinosaurs and their implications for understanding avian origins, Chinese Science Bulletin

[12] Michael S. Y. Lee and Trevor H. Worthy (2011), Likelihood reinstates Archaeopteryx as a primitive bird, The Royal Society