Évolution des Oiseaux versus Dessein Intelligent, le retour!

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Si vous parcourez un peu mon blog vous remarquerez sans doute mon faible pour l'histoire évolutive des oiseaux et plus exactement pour l'origine dinosaurienne de ces derniers. Mon blog a d'ailleurs commencé avec un dossier en cinq parties (1, 2, 3, 4 & 5) consacrée à un démontage détaillé des assertions d'une poignée de chercheurs continuant mordicus à nier le fait que les oiseaux sont des dinosaures. Ces chercheurs s'étant d'ailleurs vu affublé du sobriquet de BANDits pour «Birds Are Not Dinosaurs».

Et pour confirmer mon intérêt pour ce sujet j'ai même consacré deux bon gros billets à réfuter les âneries des créationnistes du «Discovery Institute» ici et ici. Âneries selon lesquelles l'origine évolutive, ici dinosaurienne, des oiseaux (et par extension l'évolution en générale) ne seraient pas démontrée. Ces créationnistes s'appuyant d'ailleurs largement sur les sophismes des BANDits précédemment mentionnés pour soutenir leur âneries.

Je n'avais pas prévu de revenir sur ce qui a donc déjà été dit en long et en large dans le présent blog mais bon, un récent article du jeune créationniste Jonathan MacLatchie, m'a finalement poussé à y revenir car illustrant à merveille la malhonnêteté teintée de stupidité de ces «créationnistes sophistiqués».

Jonathan MacLatchie (alias JonathanM sur le blog du «Discovery Institute» intitulé «Evolution news & views»), est un jeune étudiant converti à la cause créationniste et plus exactement à la version sophistiquée de celui-ci communément nommée «Dessein Intelligent». JonathanM est donc un nouvel arrivant dans ce mouvement, un nouvel arrivant déjà passablement actif et ayant déjà pondu de nombreuses âneries. Mais là JonathanM a donc touché un sujet qui me tient à cœur à savoir l'évolution de la gente avienne à partir de petits dinosaures théropodes.

Cette «critique» de l'origine dinosaurienne des oiseaux s'inscrit dans une attaque à l'encontre du livre du biologiste Jerry Coyne intitulé «Why Evolution Is True». Ci-dessous je m'attèle donc à décortiquer et démonter les pseudo-arguments que JonathanM utilise pour soit disant remettre en cause l'origine dinosaurienne des oiseaux. Inutile de vous dire que je perdrai pas mon temps à remettre l'ensemble des assertions que JonathanM emploi à l'encontre de l'ouvrage de Jerry Coyne, ce qui suit suffisant déjà amplement à démontrer la malhonnêteté et la stupidité des assertions en question.

Bref voici par quels mot JonathanM commence sa «remise en question» de l'origine dinosaurienne des oiseaux:

«Features that have convinced many paleontologists of Archaeopteryx's transitional status with respect to theropod dinosaurs and birds include the fact that it possesses fully developed feathers (including primaries and secondaries) which were arranged on its wings in a manner similar to modern birds, as well as its reptilian features such as a long bony tail, the claws on its forelimbs and hindlimbs, and its teeth. Other fossilized birds, however, have been found to have teeth (e.g., Hesperornis) and, indeed, some modern birds (e.g., the ostrich) possess fingers on their wings.» JonathanM

JonathanM semble sous-entendre ici que Archaeoptéryx ne serait au final pas un si bel exemple de fossile transitionnel car les caractères «reptiliens» d'Archaeoptéryx se retrouverait chez d'autres oiseaux du Mésozoïque. Bon déjà là on se demande où se situerait le problème sachant qu'il est tout à fait attendu évolutivement parlant, que d'autres oiseaux du Mésozoïque retiennent eux aussi des caractères «reptiliens». De plus hormis que Archaeoptéryx possède une longue queue osseuse que ne possède pas les autres oiseaux basaux mentionnés ici par JonathanM, un simple regard sur la morphologie générale d’Archaeoptéryx nous montre que ce dernier était bien plus similaire à un dinosaure théropode non-avien tel que Vélociraptor qu’ à un oiseau comme Hesperornis.

Comparaison des squelettes de Vélociraptor, Archaeoptéryx et d’Hesperornis. Nous remarquons immédiatement qu’Archaeoptéryx est bien plus similaire à dinosaure non-avien tel que Vélociraptor qu’à Hesperornis.

Par ailleurs Vélociraptor avait également des plumes [1], de même que bon nombres d’autres dinosaures théropodes non-aviens. JonathanM échoue donc lamentablement à remettre en question l’existence de fossiles attestant l’apparentement des oiseaux avec les dinosaures.

Mais en bon créationniste JonathanM poursuit son enfumage des lecteurs en tentant de jeter un doute sur l’existence même des dinosaures à plumes.

«Moreover, an interesting paper appeared in the Journal of Morphology in 2005, challenging the evidence for feathered dinosaurs (Fedducia et al., 2005).» JonathanM

Le papier de Feduccia et al [2] ne concerne en réalité que Sinosauropteryx prima et non pas les autres dinosaures à plumes tels que Microraptor gui ou même Vélociraptor chez qui la présence de plumes a pu être avéré [1]. Alan Feduccia n’ayant d’ailleurs pas pu nier la présence de plumes chez les Dromaeosauridés, a alors affirmé que ces derniers étaient des oiseaux sans lien de parenté avec les dinosaures alors que dans les années 1990 il affirmait que ces mêmes Dromaeosauridés étaient des dinosaures sans lien de parenté avec les oiseaux….. [3]

JonathanM ignore les contradictions embarrassantes et injustifiées d’Alan Feduccia, et ignore donc que la présence de plumes chez les dinosaures est aujourd’hui parfaitement avéré! De plus la tentative de Feduccia et al de nier la présence de filaments de plumes chez Sinosauropteryx prima se pète les dents devants des analyses plus récentes montrant que les filaments en question possédaient des mélanosomes similaires à ceux des plumes des oiseaux actuels [4] (voir aussi ce précédent message) filaments qui ne sont donc de toute évidence pas des fibres de collagènes dégradés mais bel et bien des téguments homologues aux plumes des oiseaux!

Reconstitution en couleurs de Sinosauropteryx prima

JonathanM ne rapporte donc pas comme il se doit les connaissances acquises sur la présence de plumes chez les dinosaures théropodes. Il se contente de sélectionner une publication de Feduccia et al en ignorant la majeure partie de la littérature et des recherches scientifiques sur ce sujet dans le seul but de désinformer ses lecteurs. Et il continue en se référant au même Alan Feduccia concernant l'homologie des doigts des ailes des oiseaux.

«The researchers also "examine evidence relating to the most critical character thought to link birds to derived theropods, a tridactyl hand composed of digits 1-2-3." They find that "the evidence supports interpretation of bird wing digit identity as 2,3,4, which appears different from that in theropod dinosaurs."» JonathanM

JonathanM semble ignorer totalement le fait que l’apparente mise à mal de l’homologie des doigts des oiseaux avec ceux des dinosaures théropodes, a été résolue il y a un moment déjà, notamment par des etudes portants sur les genes Hox impliqués dans le dévloppement ontogénique de ces mêmes doigts. [5] [6] [7] Cela a déjà été discuté en détail dans ce précédent message.

Mais JonathanM ignore mystérieusement ces récentes avancées rendant ses objections caduques comme c'est étrange!

«Another paper published in the Journal of Morphology raises a further problem for the evolution of birds from theropod dinosaurs (Quick and Ruben, 2009).» JonathanM

Ok là encore je vous épargne les détails concernant les sophismes et la malhonnêteté de Quick et Ruben car ceux-ci ont déjà été analysés et décortiqués dans ce précédent message. Retenons juste une chose selon Quick et Ruben l’origine dinosaurienne des oiseaux serait mis à mal parce que les dinosaures théropodes auraient un fémur trop mobile pour permettre la présence de sacs aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux. Quick et Ruben sous-entendant dans leur entretien accordé  la presse que les dinosaures théropodes ne pourraient pas avoir de sacs aériens abdominaux semblables à ceux des oiseaux et donc que cela mettrait à mal la parenté dinosaures-oiseaux.

Or comme cela a déjà été discuté dans ce précédent message Quick et Ruben débitent n’importe quoi!

Pourquoi?

Parce que dans leur publication scientifiques les mêmes Quick et Ruben reconnaissent que selon leur «modèle», les oiseaux basaux tels que Archaeoptéryx n’auraient eux-mêmes pas pu avoir pareils sacs aériens abdominaux car selon eux ces oiseaux avaient eux aussi un fémur bien trop mobile pour cela! À ce titre j'avais traduit les propos de Quick et Ruben en français pour que cela soit bien clair!

Le fémur n'atteint pas sa position sub-horizontale avant la fin du Crétacé chez les ornithurines (oiseaux primitifs) comme cela est indiqué par la présence de l'antitrochanter, bien que certains oiseaux de la sous classe des énantiornithes (autre groupes d'oiseaux primitifs) avaient peut être déjà cette orientation fémorale (Hertel et Campbell, 2007). Nos données indiquent que les premières formes aviaire (Archaeopteryx, confuciusornithines et certains oiseaux enantiornithines) ont peut être un volume pelvien analogue à celui de l'autruche, mais il semble peu probable qu'ils aient été capables d'avoir pu efficacement empêché l'effondrement paradoxal de leurs sacs aériens abdominaux à cause de leurs courts iliaque post-acétabulaire et ischium (Naples et al., 2002) ainsi qu'en raison de la position verticale de leurs fémurs. Quick and Ruben [8]

Comment Quick et Ruben peuvent donc prétendre mettre à mal la parenté dinosaures-oiseaux en raison de cette histoire de fémur trop mobile alors qu’ils affirment en même temps que les premiers oiseaux avaient eux-mêmes pareille mobilité du fémur? De plus cette histoire de fémur empêchant la présence de sac aériens abdominaux similaires à ceux des oiseaux actuels, est des plus bancale (voir cet article du paléontologue Darren Naish). Et donc JonathanM ignore les contradictions flagrantes  et les faiblesses des propos de Quick et Ruben et prend donc position en faveur d’une parfaite ânerie!

Rappelons également comme cela avait déjà été discuté dans ce précédent message que pour John Ruben tout comme pour les autres BANDits à savoir Alan Feduccia et Larry Martin, les Dromaeosauridés (ci-dessus un Vélociraptor tentant d’attraper des oiseaux primitifs nommés Confuciusornis) seraient des oiseaux «primitifs» et non pas des dinosaures (en rappelant qu’avant les années 2000 ils prétendaient tous les trois exactement le contraire!). Aussi si John Ruben affirme que la position du fémur de ces dinosaures théropodes leur interdits d’être de proches parents des oiseaux, comment peut-il en même temps affirmer que les Dromaeosauridés sont des oiseaux? Là encore John Ruben se contredit et pire encore se discrédite complètement! 

Et en parlant d’ânerie en bon créationniste JonathanM ne s’arrête pas à cette dernière et après avoir pris parti en faveur des propos contradictoires et bancaux de John Ruben, il passe directement à la suivante:

«Another problem with the claim that birds descended from theropod dinosaurs is that the forelimbs of birds must be able to support their wings and are thus well developed. But the theropods possessed very small forelimbs, which are hardly credible precursors to those of birds and, indeed, a creature like Archaeopteryx.» JonathanM

JonathanM pense-t-il vraiment qu’un membre ne peut pas s’allonger au cours de son évolution? Affirmation grotesque et gratuite de sa part!

L'allongement des pattes au cours de l'évolution? Impossible je vous dis! Parole de Lévrier!

Les dinosaures théropodes non-aviens avaient certes pour la plupart, des membres antérieurs plus courts que ceux des oiseaux, mais pour beaucoup de ces dinosaures théropodes les membres antérieurs demeuraient fonctionnels et il n’y a aucune raison de penser que ceux-ci n’auraient pas pu s’allonger au cours de l’évolution notamment sous l’influence de diverses pressions sélectives. Souvenons-nous des hypothèses évolutives quant à l’utilité possible de membres antérieurs plus longs chez les ancêtres des oiseaux. Si ces hypothèses ne sont bien évidemment pas possible à confirmer elles demeurent plausibles et ne sont pas exclusives. De plus l’allongement d’un membre ne représente pas quelque chose d’extraordinaire évolutivement parlant, les affirmations péremptoires de JonathanM étant donc du registre du pur sophisme et encore je suis gentil!

Mais attendez encore une fois JonathanM ne s’arrête pas là et s’enfonce encore davantage dans la bêtise.

«A further difficulty pertains to explaining the origin of feathers. If, as is conventionally maintained, feathers evolved from scales, one has to posit some kind of Darwinian explanation for their evolution from perhaps frayed scales, which must include some kind of genetic basis for every step from frayed scale to fully sculptured feather complete with its many specialized features. Based on what we presently know of the genetic mechanisms, structure and molecular composition of functioning feathers, the proposition that these structures evolved from frayed scales may now reasonably be regarded as highly implausible.» JonathanM

Encore une fois difficile de dire si JonathanM est un parfait malhonnête ou un parfait ignare. Car voilà la présente prose sur l’impossibilité de l’évolution des plumes à partir d’écailles effilochées est au mieux une grave démonstration d’ignorance de sa part au pire un méprisable épouvantail et donc une démonstration flagrante de malhonnêteté.

Pourquoi?

Parce que les chercheurs n’affirment guère que les plumes ont évolué à partir d’écailles effilochés! [9] À ce titre je vous laisse vous référez à cet article de Taupo sur l’évolution des plumes. Car comme vous pourrez le constater les recherches menées notamment par Richard O. Prum sur l’ontologie des plumes tendent à montrer que celles-ci n’ont pas directement évolués à partir d’écailles mais au contrairement directement à partir de placodes. Cela rendant la présente objection de JonathanM totalement à caduque ou mieux dit complètement à côté de la plaque!

Schéma simplifié de l'évolution des plumes au regard de ce que nous enseigne la biologie du développement via notamment les études de Richard O. Prum. [9] Les plumes n'ayant donc pas évolué à partir d'écailles effilochées mais de placodes. Voir l'excellent article de Taupo consacré à l'évolution des plumes.

Et il est quand même affligeant qu’un étudiant en biologie qui prétend réfuter une théorie scientifique ne se renseigne pas correctement sur l’état actuelles des connaissances de la théorie en question! Alors ignorance ou malhonnêteté? Hélas difficile de lui accorder la bénéfice du doute en attribuant ces propos à la première, car à la fin de sa «critique» de l’origine dinosaurienne des oiseaux, JonathanM témoigne de la malhonnêteté la plus crasse qui soit!

«Finally, anyone who has carefully followed the scientific discussion on evolution and the fossil record will doubtless be aware that Archaeopteryx has relatively recently been knocked off its perch, as it were, as the first bird, following the discovery of Xiaotingia zhengi in western Liaoning, China, in rocks dating to the late Jurassic epoch, 161-145 million years ago (Xu et al., 2011). As one news report in Nature put it, "we are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus."» JonathanM

Soupirs.....

Si vous aviez lu ce précédent message ou alors simplement les articles que JonathanM cite lui-même vous ne pouvez que partager ma consternation face à la bêtise de ce dernier. Car au mieux JonathanM nous prouve qu'il n'est qu'un imbécile inconséquent au pire qu'il est un imbécile inconséquent doublé d'un malhonnête.  Pourquoi? Simple reprenons l’extrait du communiqué de la revue «Nature» que JonathanM cite lui-même:

«We are about to enter a new era in which Archaeopteryx is considered as distant from the ancestry of modern birds as dinosaurs such as Deinonychus.» Lawrence M. Witmer [10]

Et maintenant si vous lisez entier les deux articles que cite JonathanM c'est-à-dire le communiqué de Lawrence M. Witmer de la revue «Nature» [10] ainsi que l'étude consacré à Xiaotingia zhengi [11] vous comprendrez que ces derniers stipulent simplement que Archaeoptéryx serait phylogénétiquement d’avantage apparenté aux Deinonychosauriens comme Vélociraptor qu’il ne l’est aux oiseaux. Chose dont j'avais moi-même discuté plus en détail dans ce précédent message!

Traditionnellement Archaeoptéryx est considéré comme étant le premier oiseau car classé comme étant phylogénétiquement plus apparentés aux oiseaux qu’aux dinosaures non-aviens comme Vélociraptor (A). Cependant la découverte de Xiaotingia zhengi suggère donc que Archaeoptéryx pourrait être, à l’instar de Vélociraptor, un dinosaure non-avien (B). Notons toutefois que cette remise en question de la phylogénie traditionnellement admise pour Archaeoptéryx, a elle-même été remise en question par une autre étude arrivant à la conclusion qu'Archaeoptéryx serait malgré tout phylogénétiquement plus proche des oiseaux qu'il ne l'est de Vélociraptor [12].

Et donc JonathanM prétend donc que la remise en question du statut de «premier oiseau» habituellement attribué à Archaeoptéryx, Archaéoptéryx qui serait donc considéré comme un dinosaure à plumes non-avien, mettrait à mal l’origine dinosaurienne des oiseaux. Le même JonathanM qui avant citait des articles qui prétendaient que les dinosaures à plumes n’existent pas! L’incohérence est ici totale, JonathanM fait preuve de la bêtise créationniste la plus crasse qui soit!

Conclusion:

Les propagandistes créationnistes sont malhonnêtes et idiots! Oui bon ça on le savait déjà me direz-vous mais bon à cela on peut simplement ajouter qu’il est déprimant de voir que certains dépensent une telle énergie à désinformer les gens en prétendant faire de la «science», le tout au service d’une idéologie n’ayant rien de scientifique. Et hélas les créationnistes ne sont pas les seuls souvenons-nous en effet des étrons racistes qu’avait étalé un sinistre cornichon! Moralité méfiez-vous des fumistes en tout genre et tant que j'y pense, pour ceux qui vivent dans les hautes lattitudes de l'hémisphère nord cet hiver n’oubliez de nourrir nos dinosaures contemporains en mettant graines à disposition de ces derniers dans votre jardin ou sur le bord de votre fenêtre!

Références: 

[1] Alan H. Turner Peter J. Makovicky and Mark A. Norell (2007), Feather Quill Knobs in the Dinosaur Velociraptor, Science

[2] Alan Feduccia et al (2005), Do Feathered Dinosaurs Exist? Testing the Hypothesis on Neontological and Paleontological Evidence, Journal of Morphology

[3] Richard O. Prum (2003), Are current critiques of the theropod origin of birds science? Rebuttal to Feduccia (2002), The Auk

[4] Richard O. Prum et al (2010), Plumage Color Patterns of an Extinct Dinosaur, Science

[5] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), Birds Have Dinosaur Wings: The Molecular Evidence, Journal of Experimental Zoology

[6] Alexander O. Vargas and John Fallon (2005), The digits of the wing of birds are 1, 2, and 3. a review, Journal of Experimental Zoology

[7] Alexander O. Vargas et al (2008), The Evolution of HoxD-11 Expression in the Bird Wing: Insights from Alligator mississippiensis, PLoS ONE

[8] Devon E. Quick and John A. Ruben (2009), Cardio-Pulmonary Anatomy in Theropod Dinosaurs: Implications From Extant Archosaurs, Journal of Morphology

[9] Richard O. Prum (2005), Evolution of the Morphological Innovations of Feathers, Journal of Experimental Zoology

[10] Lawrence M. Witmer (2011), An icon knocked from its perch, Nature

[11] Xu Xing et al (2010), Pre-Archaeopteryx coelurosaurian dinosaurs and their implications for understanding avian origins, Chinese Science Bulletin

[12] Michael S. Y. Lee and Trevor H. Worthy (2011), Likelihood reinstates Archaeopteryx as a primitive bird, The Royal Society

L'évolution limitée du créationniste Doug Axe

Dans un message précédent j’ai expliqué en quoi les déductions du créationniste Michael Behe sur une évolution si limitée que la biodiversité et complexité du vivant telles que nous les connaissons aujourd’hui ne peut s’expliquer par la dite évolution mais impliquerait l’intervention d’un concepteur intelligent dont la nature et les méthodes ne sont bien sûr jamais décrites et expliquées par les prêcheurs du «Discovery Institute».

Qu’on se le dise le «Discovery Institute» est une organisation idéologique dont l’objectif à peine voilée est la promotion d’une forme particulière de créationnisme, donc la promotion d’une pseudo-science dont l’objectif est de rétablir la transcendance comme «mécanisme explicatif», bref une violation même de ce qu’est la science.

Ainsi le «Discovery Institute» est constitué de philosophes et de théologiens, mais comme nous l’avons vu avec Michael Behe cette organisation s’appuie également sur quelques «scientifiques» sensé faire office d’autorité en matière de réfutation de la biologie de l’évolution.

Or depuis le milieu des années 2000, Michael Behe s’est vu rejoint par un autre collègue à savoir un dénommé Doug Axe et donc la spécialité est de publier des papiers qui prouveraient que l’évolution de nouvelles protéines est si improbable que les protéines qui existent actuellement (et par extension les êtres vivants qu’elles constituent), n’ont pas pu évoluer par les mécanismes naturels, si bien que seul un concepteur intelligent pourrait expliquer l’existence des protéines en questions et donc à fortiori de la biodiversité et de la complexité du vivant telles que nous les connaissons actuellement.

Pour se faire et pas plus tard qu’en ce début d’année 2011 Doug Axe aidé d’une collègue nommée Ann Gauger, ont publié un papier sensé démontré que le passage d’une enzyme nommé Kbl2 à une enzyme nommé BioF2 est hautement improbable, si improbable qu’elle ne pourrait se produire dans la Nature et cela parce que pour passer de l’enzyme Kbl2 à l’enzyme BioF2 il faudrait plusieurs mutations et plusieurs changements d’acides aminés à la clef!

Sans entrer dans les détails (je laisse aux intéressé consulter les références et les liens qui accompagne mon présent message), ces deux enzymes sont très similaires dans leur formes mais accomplissent des fonctions très différentes. Or il s’avère donc selon Doug Axe et sa collègue Ann Gauger que l’évolution de l’enzyme Kbl2 à BioF2 demanderait 10^30 générations pour se réaliser et serait donc si improbable qu’elle n’aurait donc selon toute vraisemblance pas avoir eu lieu dans la nature, l’organisation créationniste nommé «Discovery Institute» allant plus loin en affirmant que cela va dans le sens d’une impossibilité de l’évolution de l’ensemble des enzymes et de leurs fonctionnalités respectives tel qu’on l’observe dans la nature. Le pire étant que dans un article du «Biologic Institute», un site affilié à l’organisation créationniste «Discovery Institute», Doug Axe affirme également que ces recherches ont réellement des implications sur la «faisabilité» de l’évolution!

Bien évidemment on s’en doute le papier de Doug Axe et Ann Gauer (tout comme les autres papiers de Doug Axe ou encore les papiers de Michael Behe) ne peuvent en aucun cas constituer des réfutations de la «faisabilité» de l’évolution de nouvelles protéines et de nouvelles fonctions dans la Nature. D’ailleurs pour s’en convaincre on peut noter plusieurs choses.

1. Premièrement le papier de Doug Axe et Anne Gauer a été publié par le journal intitulé «Bio-Complexity» à savoir un journal fondé par le «Discovery Institute» lui-même et dont Doug Axe et Ann Gauer sont eux-mêmes des membres du conseil de publications! Niveau garanti d’objectivité on peut difficilement faire pire!

2. Sans être spécialiste en matière de probabilité on peut légitimement douter de leurs inférences statistiques voulant qu’il faudrait 10^30 générations pour passer d’une enzyme à l’autre. Car bon contrairement à Michael Lynch, Doug Axe et Ann Gauer affirment que l’accumulation de plusieurs mutations neutres n’a qu’extrêmement peu de chance statistiquement de mener à l’apparition de nouvelles enzymes et de nouvelles fonctionnalités. Cependant peut-on réellement affirmer au vue de certaines constatations issues de l’expérience de Lenski et d’autres études de cas, que les conclusions de Michael Lynch sont fausses et celles de Doug Axe et Ann Gauer valides en tous points? Il semble bel et bien que non!

3. Comme réfutation de la «faisabilité» de l’évolution de nouvelles protéines, la publication de Doug Axe et Anne Gauer est inapproprié et non-pertinente, car elle fait ses supputations statistiques sur deux protéines contemporaine, c’est-à-dire un supposé scénario dans lequel nous passerions d’une enzyme contemporaine à une autre enzyme contemporaine et non pas d’une enzyme ancestrale à une enzyme actuel.

Or donc comme l’on déjà souligné Jack Scalan et Steve Matheson (Steve Matheson cites d’ailleurs deux études récentes datant de 2010 et de 2011 n’allant pas vraiment dans le sens des déduction de Doug Axe et Ann Gauer) on ne peut guère s’adonner à ce genre d’inférence évolutive à partir en cherchant des transitions entre deux enzymes contemporaines. C’est comme si l’on voulait tester l’évolution en faisant une inférence sur les changements nécessaire pour passer d’un crocodile à un oiseau. Cela ne marche pas car le crocodile et l’oiseau ne sont pas issu l’un de l’autre, mais partagent un ancêtre commun. L’évolution des organismes mais aussi des protéines est contrainte, c’est-à-dire qu’effectivement certains changement sont très improbables voire impossible en raison des contraintes acquises au fil de l’évolution. Par exemple les baleines ne récupéreront probablement jamais leur membres postérieurs et comme l’avait souligné Joseph Thorton, les protéines ne pourront probablement jamais évolués vers la forme ancestrale dont elles sont issues, cela confirmant dans une certaine mesure la Loi de Dollo conceptualisé par le scientifique du même nom au 19ème siècle déjà. C’est d’ailleurs selon ce même principe que des organismes et des protéines ne peuvent très probablement pas évoluer vers des formes contemporaines, car chacune de ces dernières, a hérité de contraintes structurales propres à sa lignée respective.

Aussi on ne peut prétendre démontrer la «non-faisabilité» de l’évolution d’une nouvelle enzyme ou même d’une nouvelle espèce en faisant des supputations sur les transitions possibles de deux enzymes/espèces contemporaines c’est même là une chose de complètement fallacieuse et absurde. En réalité pour vérifier la faisabilité d’une pareille évolution il faut d’avantage tenté de reconstituer ce à quoi pouvait ressembler l’ancêtre hypothétique possible d’une enzyme/protéine et tenter de vérifier la faisabilité de pareille évolution à partir de l’ancêtre hypothétique en question. Certes la méthodologie est plus contraignante et implique des analyse phylogénétique approfondi pour reconstitué l’ancêtre hypothétique en question (pour l’évolution des espèces le registre fossile est une aide précieuse qui a déjà fait ses preuves) mais donc là au moins le résultat obtenu sera suffisamment pertinent pour que l’on puisse juger de la faisabilité ou non de pareille évolution.

En fait chose amusante si l’on poussait le vice du sophisme utilisé par Doug Axe et Ann Gauer ont pourrait en arriver à affirmer que l’évolution est falsifié car l’on a jamais pu démontrée qu’un brocoli a évolué pour donner à naissance une Gerbille!

L'ultime preuve de la «non-faisabilité» de l'évolution!

4. Le papier de Doug Axe et Ann Gauer semble ignorer de façon pour le moins étrange de multiples travaux sur l’évolution de nouvelles enzymes voir même de nouvelles voies métaboliques, cela rendant pour le moins à côté de la plaques leurs conclusions sur le trop faible probabilité d’apparition de nouvelles enzymes et de nouvelles fonctions. On peut notamment cité une récente étude sur l’évolution d’un nouveau gène codant une protéine anti-gèle au sein d’une espèce particulière de poisson ou une autre étude sur l’apparition d’une nouvelle protéine au sein d’une lignée de champignons. En fait Doug Axe et Ann Gauer sont même totalement à côté de la plaque concernant ces dernières!

Bref sans même entrer dans les détails il s’avère que Doug Axe et Ann Gauger n’amènent strictement aucun élément démontrant que l’évolution des protéines est d’une telle improbabilité qu’elle n’a pas pu avoir lieu dans nature. En fait en affirmant que leurs «travaux» montrent une pareille improbabilité de l’évolution, Doug Axe et Ann Gauger ne font que s’attaquer à des épouvantails, c’est-à-dire à une caricature grossière de ce qu’est l’évolution le tout en ignorant les résultats intéressant d’autres équipes de chercheurs en matière d’évolution des protéines. Doug Axe et Ann Gauger me font personnellement d’avantage de la peine qu’autre chose, car brasser ainsi du vent pour tenter d’amener un semblant de crédibilité (ce que n’amènent même pas leurs publications), à un mouvement créationniste, c’est pour le moins navrant.

Et pendant qu’ils se fourvoient à ce genre de futilités aussi inutiles qu’à côté de la plaque, la recherche scientifique progresse sans eux, la compréhension en matière de biologie de l’évolution ne cesse de s’accroitre. Sans même le savoir eux-mêmes, probablement englués dans leurs propres préconceptions métaphysiques et confusions épistémologiques, Doug Axe et Ann Gauer sont la parfaite illustration du résultat déplorable auquel peut mener!

Références:

Ann K. Gauger and Douglas D. Axe (2011), The Evolutionary Accessibility of New Enzyme Functions: A Case Study from the Biotin Pathway, Bio-Complexity

Evandro Ferrada, Andreas Wagner (2010), Evolutionary Innovations and the Organization of Protein Functions in Genotype Space, PLoS ONE

Michael A. Fisher, Kara L. McKinley, Luke H. Bradley, Sara R. Viola, Michael H. Hecht (2011), De Novo Designed Proteins from a Library of Artificial Sequences Function in Escherichia Coli and Enable Cell Growth, PLoS ONE

Jeffrey E. Barrick, Mark R. Kauth, Christopher C. Strelioff and Richard E. Lenski (2010), Escherichia coli rpoB Mutants Have Increased Evolvability in Proportion to Their Fitness Defects, Molecular Biology and Evolution

Jamie T. Bridgham, Sean M. Carroll, Joseph W. Thornton (2006), Evolution of Hormone-Receptor Complexity by Molecular Exploitation, Science

Jamie T. Bridgham, Eric A. Ortlund3 & Joseph W. Thornton (2009), An epistatic ratchet constrains the direction of glucocorticoid receptor evolution, Nature

Jing Cai, Ruoping Zhao, Huifeng Jiang and Wen Wang (2008), De Novo Origination of a New Protein-Coding Gene in Saccharomyces cerevisiae, The Genetic Society of America

Cheng Denga, C.-H. Christina Chengc, Hua Yea, Ximiao Heb, and Liangbiao Chena (2011), Evolution of an antifreeze protein by neofunctionalization under escape from adaptive conflict, Proceedings of the National Academy of Sciences

L’évolution limitée du créationniste Michael Behe

Michael Behe est un des avocats les plus «prestigieux» du «Discovery Institute» l’organisation créationniste qui s’adonne à la promotion du créationnisme connu sous le nom de «Dessein Intelligent». Michael Behe est en effet un Biochimiste très habile pour tenir un discours aux allures scientifique et est donc souvent en tête de ligne pour amener des «arguments» sensés montrer que l’évolution ne peut pas expliquer la complexité du vivant et que donc Dieu un Concepteur Intelligent est à l’origine de celle-ci…..

Michael Behe est loin d’être aussi con qu’un Casey Luskin, et contrairement à ce dernier Michael Behe modère son créationnisme en admettant le fait que les différentes espèces sont apparentées les unes aux autres. Mieux encore contrairement à bon nombre d’autres créationnistes Michael Behe admet non seulement l’existence de mutations pouvant être bénéfiques mais mieux encore admet que certaines mutations peuvent amener à de nouvelles fonctions et pourquoi pas à de nouvelles protéines!

Mais alors me direz-vous, si Michael Behe admet toutes ces choses comment peut-il être un avocat d’un mouvement créationnistes niant que l’évolution est à l’origine de la biodiversité et de la complexité du vivant que nous connaissons aujourd’hui? Simple! Michael Behe prend soin de ne quasiment jamais directement nier les faits scientifiquement établis ou alors si il le fait c’est d’une manière très détournée et subtile (en se contentant par exemple de simples sous-entendus). Par exemple comme déjà dit Michael Behe ne va pas nier que certaines mutations peuvent générer l’apparition de nouvelles protéines et de nouvelles fonctions. En fait Michael Behe va savamment s’attaquer aux points où des inconnus ou plutôt des imprécisions subsistent. Puis une fois que notre biochimiste créationniste a mis le doigt sur les inconnus et/ou imprécisions en question, il amplifie la portée de ces dernières pour affirmer que l’évolution n’est pas formellement prouvée ou trop improbable et donc que la complexité du vivant s’expliquerait bien mieux par l’intervention de Dieu d’un Concepteur Intelligent.

Un bon exemple est la demande irréaliste que Michael Behe adresse aux biologistes pour expliquer l’évolution du système immunitaire des vertébrés. Michael Behe demandant en effet qu’on lui explique l’évolution du système immunitaire étape par étape c’est-à-dire mutation par mutation ainsi qu’en décrivant la taille des populations dans lesquels se sont produites ces mutations, les effets exactes des mutations en question au niveau du Fitness, etc, etc….. Voir le témoignage de Michael Behe au procès de Dover.

Bien évidemment Michael Behe sait que sa demande est impossible à satisfaire car l’évolution du système immunitaire des vertébrés est un événement historique lointain s’étant produit au sein de populations qui n’existent plus et dont nous ne pouvons qu’ignorer le nombre exact et tous les autres paramètres que Michael demande à avoir pour être convaincu. Ainsi même si des explications existent et démontrent comment le système immunitaire des vertébrés a pu évoluer dans les grandes lignes avec cependant quelques explications détaillées intéressantes, des inconnues subsistent. Néanmoins des prédictions et des modèles susceptibles d’être confirmés peuvent être effectués. Mais Michael Behe n’en a cure et pour ne surtout pas admettre les explications en question, il s’adonne à une demande impossible en prétendant qui plus est que cela valide son «Dessein Intelligent» qui pourtant ne propose strictement aucun modèle d’aucun mécanisme explicatif que ce soit! Cherchez l’erreur!

Il existe donc une malhonnêteté profonde dans la démarche de Michael Behe, celui-ci s’adonnant à une critique hypertrophié des connaissances acquises en biologie de l’évolution en soutenant l’idée fallacieuse voulant qu’à partir du moment que l’on n’a pas tout expliqué dans les plus infinis détails alors cela reviendrait à dire que l’on aurait rien expliqué et donc rien démontré. La meilleure résident dans le fait que le créationnisme auquel adhère Michael Behe n’amène pas l’ombre d’une explication, l’idée étant de faire croire que la biologie de l’évolution est à égalité en matière de mécanismes explicatif avec le créationnisme ce qui là encore est on ne peut pas plus faux.

Michael Behe et «la première règle de l’évolution adaptative»

Michael Behe a bien conscience qu’il ne peut se contenter d’affirmer «que si l’on ne peut pas expliquer tous les événements historiques en détails rien ne prouvent que ceux-ci ont bien eu lieu». Michael doit aller plus loin dans sa démarche visant à amener des «preuves» que l’évolution de la complexité est ne peut se faire car l’évolution aurait d’importantes limites. Pour ce faire Michael Behe affirme qu’il est statistiquement trop improbable que les populations voient évoluer un gain de complexité en leurs sein car la majorité des mutations conférant une adaptation diminuerait la complexité des organismes vivants dont sont constituées ces populations. Cette adaptation par la perte de fonctionnalité serait selon Michael Behe la forme d'évolution adaptative la plus fréquente ce que Michael Behe nomme «la première règle de l'évolution adaptative».

Michael Behe a même eu l’occasion d’expliquer en détails son «argument» dans un papier qui fut publiée par le journal scientifique nommé The Quaterly Review of Biology. Dans ce papier Michael Behe affirme que les populations d’organismes notamment de bactéries, s’adaptent le plus souvent aux changements environnementaux par la fixation de mutations supprimant certaines fonctions. Par exemple Michael Behe soulignant que les expériences en laboratoire consistant à observer des bactéries évoluées sur plusieurs générations, montrent que celles-ci s’adaptent à leur milieux en diminuant l’activité de certaines enzymes, voir mêmes en perdant certaines enzymes voir mêmes certains gènes. Michael parle de perte d’éléments codant fonctionnels (FCTs pour Functional Coding ElemenTs) pour décrire les fonctions enzymatiques, et donc de Loss-of-FCT, pour décrire les mutations induisant une perte et/ou une diminution d’activité enzymatiques et de gain-of-FCT pour décrire les mutations où celles-ci augmentent en fonctionnalité.

Cependant Michael Behe a bien conscience du fait que sa présente argumentation comporte une faiblesse. En effet les souches bactériennes dont les chercheurs observent l’évolution en laboratoire, évoluent dans des environnements relativement stables par apports aux conditions que rencontrent les bactéries en milieu naturel. Or il s’avèrent qu’un environnement stable favorise les adaptations par la perte de certaines fonctions tandis que les environnements s’opposent aux pertes en question.

Face cette faiblesse évidente de son «argumentation» Michael Behe se contente d’affirmer qu’il est probable que les adaptations ayant cours dans la nature se fassent également en majorité par la perte de certaines fonctions, le tout justifier par deux ou trois exemples telle que la résistance au paludisme qu’ont développé certaines populations humaines et impliquant dans la majorité des cas (mais pas dans tous) ce que Michael Behe appelle une perte de fonction.

Cependant aillant conscience de la limite de son argumentation en matière d’évolution sur le long terme, Michael Behe prend soin de conclure son papier en affirmant que certes le mode d’évolution à court terme consistant majoritairement en des pertes de fonction peut avoir une influence non-négligeable sur l’évolution à long terme, mais que sur le long terme de nombreuses mutations ajoutant de nouvelles fonctionnalités ont pu se produire.

Ainsi dans la publication en question Michael Behe prend soin de ne pas affirmer que son «argumentation» réfute le fait que la complexité du vivant ait pu se produire par les divers mécanismes évolutifs connus. Et pour cause il ne peut objectivement pas affirmer avoir prouvé que c’est impossible et encore moins avoir d'avoir réfuté les divers éléments prouvant que cette évolution a eu lieu. Cependant l’organisation créationniste à laquelle Michael Behe appartient cite en grande pompe l’étude de Michael Behe comme réfutation de la Macroevolution, et encore une fois c’est à Casey Luskin que nous devons cette interprétation amusante du papier de Michael Behe via une analogie des plus grotesques.

Considérons un ordre hypothétique d'insectes - appelons-les Molecularevolutionoptera. Maintenant, imaginons que les scientifiques de découvrent qu’il existe 1 million d'espèces c de Molecularevolutionoptera, et que le taux d'extinction des espèces appartenant à cet ordre est de 1000 espèce de Molecularevolutionoptera par millénaire. D’un autre côté les scientifiques déterminent également que le taux de spéciation est de seulement 1 espèce par millénaire. Dans un tel cas, il y aura une perte nette de 999 espèces tous les 1000 ans. Mathématiquement parlant à ce rythme-là il ne devrait plus y avoir aucune espèce de, par 1.000.001 années à partir de maintenant, il devrait y avoir aucune espèce de Molecularevolutionoptera encore en vie sur la terre au bout de 1000'001 années.

Si l'article de Behe est dans le vrai, alors l'évolution moléculaire est dans le monde réel confrontée à un problème similaire. Rappelez-vous que Behe a constaté que "le taux d'apparition d'une mutation adaptative qui découleraient de la diminution ou de la suppression de l'activité d'une protéine devrait être de à 100-1000 fois le taux d'apparition d'une mutation adaptative qui exige des changements spécifiques à un gène. " Si des adaptations amenant à des pertes/modifications, de-FCT sont 100 à 1000 fois plus susceptibles d’arriver que des adaptations amenant un gain-de-FCT, la logique veut que finalement un type d’organismes évoluant ainsi se voit à terme dépourvue de FCTS à perdre ou à modifier.

En bref, le résultat logique mis en avant par Behe est que certains processus autres que la sélection naturelle et les mutations aléatoires, doivent être générateurs de nouveaux FCTS. Si l'évolution darwinienne est à l'œuvre, elle tend à supprimer les FCTS beaucoup plus vite qu'il les crée - quelque chose d'autre doit donc entrer en compte pour générer de nouveaux FCTS.

Les éléments de preuve cités par Behe ne dépeignent pas un état de fait favorable aux promoteurs de l’évolution moléculaire darwinienne.

Evolution News and Views

Il y en réalité deux choses qui sont grotesques dans les présents propos de Casey Luskin. Il y a premièrement l’analogie avec le différentiel de disparition et d’apparition de nouvelles espèces, puis il y a la non-prise en compte de la dérive génétique qui aujourd’hui est pleinement intégré à l’évolution moléculaire qui ne se limite donc pas à une version strictement «darwinienne» voulant que la sélection soit le facteur largement prépondérant dans la fixation des mutations. En réalité l’on sait aujourd’hui que l’évolution neutre est très importante et nous verrons plus bas dans le présent message, en quoi celle-ci est cruciale dans les innovations évolutives comme l’apparition de nouvelles protéines.

Mais donc comme déjà dit c’est également l’analogie à laquelle s’adonne Casey Luskin, qui est foireuse. Car avec son histoire de groupe d’espèce disparaissant plus rapidement qu’il ne donne naissance à de nouvelles espèces, Casey Luskin use d’un exemple imaginaire bien différent de la chose dont parle Michael Behe dans son papier. En effet Michael Behe parle de populations d’organisme doté de fonctions particulières, ces populations vont évoluer et se diviser en différentes sous-populations dont la plupart par adaptations à de nouveaux milieux, selon verront certaines de leurs fonctions diminuée et/ou disparaître, et seule une minorité de ces sous-populations verront apparaître de nouvelles fonctions. Mais donc Michael Behe n’affirme pas que les fonctions présentent dans les populations initiales ne persisterons pas dans certaines populations aux moins. Pour mieux comprendre observons le schéma suivant comparant l’«argumentation» de Michael Behe (à gauche) à l’analogie de Casey Luskin (à droite).

 À gauche nous un schéma simplifié mais valide du modèle adaptatif proposé par Michael Behe dans son papier. (1) Soit une population d’organisme initiale doté d’une fonction F. La population initiale se diversifie en plusieurs sous populations s’adaptant à de nouveaux milieux environnementaux (2) on constate que toutes les sous-populations se sont adapté en perdant la fonction initiale (P pour Perte), à l’exception d’une seule sous-population qui s’est adapté par un gain de fonctionnalité (G pour Gain), la fonction F inchangé elle demeurant au sein de la population initiale. Ainsi nous constatons qu’au final (3) nous avons un accroissement de la biodiversité, avec persistance d’une population disposant de la fonctionnalité F initiale, de nombreuses nouvelles populations P ayant perdu cette fonction et une nouvelle population G ayant eu un gain de fonctionnalité.
À droite nous avons l’analogie de Casey Luskin, à savoir en (1) plusieurs espèces initiales représentées ici par les lettres A, B, C, D, E, F, G, H, I, J. Puis selon le modèle proposé par Casey Luskin la quasi-totalité des espèces disparaissent (2) à l’exception d’une espèce (l’espèce J) qui donne naissance à une nouvelle espèce (espèce K). Ainsi au final (3) nous nous retrouvons avec seulement deux espèces, la biodiversité a donc diminué.

Ainsi l’analogie de Casey Luskin ne tient pas car celui-ci implique la perte de la diversité initiale chose que ne soutient nullement le modèle adaptatif proposée par Michael Behe! Notons également que l’analogie de Casey Luskin serait toujours aussi foireuse même si nous admettions le chiffre de 1000 perte de fonctions pour 1 gain de fonction!

Par ailleurs Casey Luskin (et plus généralement l’organisation créationniste à laquelle appartiennent lui et Michael Behe) semble soutenir que le papier de Michael Behe prouve l’existence d’une limite en matière d’évolution, limite qui interdirait donc la complexification du vivant et plus généralement la macroévolution. Pourquoi? Simplement parce que selon ces créationnistes, si la majorité des adaptations se font par la perte de fonctionnalité, alors la petite minorité de populations s’étant adapté par un gain de fonctionnalité ne pourront pas s’imposer face à la ribambelle de populations ayant perdu des fonctions.

Cependant là encore Michael Behe prend soin de ne pas affirmer ceci dans son papier et pour cause Michael Behe sait parfaitement que «sa première règle de l’évolution adaptative» se heurte aux contraintes que subissent les populations d’organismes sur le long terme en milieu naturelle.

À ce titre je me permet de mentionner un scientifique qui fut très influent dans la compréhension de l’évolution à savoir le regretté paléontologiste Stephen Jay Gould.

Je mentionne Stephen Jay Gould car celui-ci avait proposé un modèle macroévolutif qui rend potentiellement compatible «la première règle de l’évolution adaptative» proposée par Michael Behe et la macroévolution et la complexification du vivant.

En effet Stephen Jay Gould avait proposé un modèle hiérarchique de sélection. Ce modèle hiérarchique de sélection stipule que les populations et même les espèces peuvent être, dans une certaine mesure, être considérées comme des «individus darwiniens», c’est-à-dire être elles-mêmes être soumises à la sélection «en tant que tout». Par exemple si au sein d’une population «F», les individus porteurs de variations «P» ont, en raison des pressions sélectives locales, d’avantage de chances d’être positivement sélectionnés que les individus porteur de variations «G», alors nous aurons d’avantage de chance de voir apparaitre à terme des populations constituée d’individus porteurs de la variante «P». Mais cela ne peut être valable qu’à l’échelle locale et sur des durées de temps limitées. Car sur le long terme il est possible que la variation «P» soit moins avantagé que la variation «G». Et c’est là que va s’effectué une sélection non plus seulement sur les individus mais sur les populations (voir éventuellement sur les espèces). Sur le long terme les populations porteuses de la variation «P» vont être désavantagé en peut-être même disparaitre là où les populations porteuses de la variation «G» vont de leur côté subsisté voir même prospéré.

Concrètement cette différence entre la sélection à petite et grande échelle spatiale et temporelle, peut s’illustrer via les espèces généralistes et les espèces spécialisées. En effet la sélection naturelle peut favoriser à court terme l’adaptation de certaines populations/espèces, à des environnements très spécifiques. C’est le cas du Koala adapté à un régime alimentaire quasi-unique et spécifique à son milieu. Le problème est que sur le long terme ces espèces risquent d’être défavorisées car ces espèces sont tellement adaptées à leur milieu spécifique que tout changement environnemental modifiant celui-ci peut condamner à mort l’espèce spécialisée en question. À l’inverse les espèces généralistes ayant par exemple un régime alimentaire plus souple et varié comme c’est le cas du Raton-Laveur a d’avantage de chance de survivre à long terme car d’avantage susceptible de s’adapter à des changements environnementaux mêmes majeurs.

Or cela peut également être vrai avec la question des pertes et gains de fonctions que traite Michael Behe dans son papier. En effet les organismes perdant des fonctionnalités pour s’adapter à des contraintes environnementales locales ne risquent-ils pas d’être désavantagés sur le long terme si l’environnement venait à changer là où les organismes ayant conservé leur fonctionnalité initiale voir même eu un gain de fonctionnalité seraient positivement sélectionné sur le long terme via les changements environnementaux en question? Comme déjà mentionné précédemment cela est bel et bien le cas, les changements environnementaux limitant les pertes de fonctionnalités chez les organismes vivants. Pour mieux comprendre ce qui a été discuté ici, reprenons l’illustration précédente du modèle de Michael Behe et prolongeons-le par deux étapes supplémentaires.

À gauche le modèle adaptatif de Michael Behe à droite l’analogie qu’en a fait le créationniste Casey Luskin. Nous remarquons qu’à l’étape (3) nous n’avons chez Casey Luskin plus que deux espèces, Selon l’analogie de Casey Luskin le taux d’extinction est si supérieur au taux de spéciation que les deux dernières espèces restantes s’éteindront (4) pour donc au final ne plus laissé aucune espèce vivante (5).
Nous remarquons qu’à l’étape (3) le modèle de Michael Behe a mené à une augmentation de la biodiversité, même si la grande majorité de cette augmentation s’est faite par l’apparition de sous-population ayant perdu la fonctionnalité de la population initiale. Mais donc si ces sous-population P ayant perdu leur fonctionnalité sont défavorisé à long ou moyen terme elles risquent fort de disparaître (4). À l’inverse la population F ayant conservé la fonction initiale à plus de chance de survivre sur le long terme, il en va de même pour la population G s’étant adapté par un gain de fonctionnalité, ainsi au final si les populations P ont disparu les populations F et G ont toutes leur chance de subsister (5). Ainsi à l’inverse de l’analogie proposé par Casey Luskin la biodiversité et la complexité peut malgré tout augmenter avec le modèle adaptatif proposé par Michael Behe.

Bref ainsi contrairement à l’analogie de Casey Luskin la première règle de l’évolution adaptative proposée par Michael Behe ne s’oppose pas à la diversification et même à la complexification du vivant et cela même si, on s’en doute, Michael Behe savait que son papier allait être utilisé par l’organisation créationniste à laquelle il appartient pour soutenir une bêtise pareille.

Mais nous pouvons également mentionner une deuxième critique majeure à l’argumentation de Michael Behe. À savoir le fait que certaines mutations conférant une perte de fonctionnalité et parfois même des mutations faiblement délétères peuvent se fixer au sein de certaines populations et facilité l’apparition de nouvelles fonctions adaptative chose qu’a notamment théorisé le généticien Michael Lynch. Mais avant d’expliquer cela plus en détails il nous faut revenir sur une autre publication de Michael Behe.

Michael Behe et les «adaptations improbables»

En 2004 Michael Behe aide par un professeur de physique nommé David Snoke, publièrent un papier dans lequel, ils prétendaient démontré le caractère improbable de l’évolution de nouvelles protéines. Michael Behe réitéra cet «argument» dans un de ses livres paru en 2007 et intitulé «The Edge of Evolution».

Dans ces différents écrits Michael Behe soutient que l’évolution ne peut qu’être grandement limitée car par exemple l’évolution de nouvelles capacité, de nouvelles protéines donc de nouveaux caractères nécessiterait souvent plusieurs mutations.

En effet Michael Behe rappelle que par exemple, pour que de nouvelles fonctionnalités apparaissent, il faut souvent que plusieurs mutations spécifiques se produisent sur une séquence d’ADN particulières. Or selon Michael Behe il est extrêmement improbable que pareille fonctionnalité puissent donc évoluer. Car Michael Behe rappelle qu’il n’existe pas d’avantage sélectif tant que la séquence d’ADN concerné n’a pas acquis toutes les mutations amenant à l’apparition de la nouvelle fonction. Aussi selon Michael Behe l’évolution de fonctions demandant plusieurs mutations est tellement improbable qu’il n’y a aucune raison de penser que celle-ci ait effectivement eu lieu (voir schémas-ci-dessous). L’apparition de nouvelles fonctions devant s’expliquer par un autre phénomène que le couple mutations/sélection. Pour Michael Behe c’est autre «phénomène» serait l’intervention de Dieu d’un concepteur intelligent cela va sans dire.

 L’apparition de nouvelles fonctions à partir d’une séquence d’ADN fonctionnelle demande parfois que plusieurs modifications génétiques (mutations) aient lieu. Ainsi si l’apparition d’une nouvelle fonction nécessite cinq mutations particulières sur une séquence d’ADN donné ce qui est en soit un événement très improbable statistiquement parlant. Selon Michael Behe pour que la nouvelle fonction émerge il faudrait en effet soit que chaque mutations se produisent l’une après l’autre au fil des générations c’est-à-dire par plusieurs étapes où la séquence d’ADN n’aurait aucune fonction avec à la clef un possible désavantage sélectif des étapes intermédiaires en question (A). Soit il faudrait que les cinq mutations se produisent simultanément amenant donc à l’apparition de la nouvelle fonction ce qui est là aussi hautement improbable (B).

Bien évidemment cette «argumentation» de Michael Behe fut également critiquée et même mis à mal par un exemple contredisant son assertion selon laquelle une nouvelle fonction impliquant plusieurs mutations était un événement trop improbable pour avoir lieu. En effet des chercheurs constatèrent pareille chose au sein d’une population de plasmodiums responsables du paludisme ayant acquis une résistance aux médicaments via la fixation de plusieurs mutations spécifiques. Michael Behe aillant conscience de voir son argumentation mis à mal réitéra néanmoins cette dernière en rappelant que les plasmodiums forment des populations se reproduisant très rapidement et en très grand nombre. Michael Behe affirmant que sur les milliards de Plasmodiums il n’était pas aussi improbable de voir apparaitre plusieurs mutations simultanément, cependant selon Michael Behe cela n’est pas vrai chez les organismes multicellulaires de grandes tailles comme les vertébrés qui sont nettement moins nombreux et se reproduisent bien moins rapidement. Il est trop improbable selon Michael Behe que ces organismes aient pu donc évoluer selon des mécanismes «darwiniens».

Cependant là encore Michael Behe allait voir son «argumentation» mise à mal. Parmi les critiques en question on peut mentionner le généticien Michael Lynch qui rappela à Michael Behe que l’évolution n’est pas uniquement «darwinienne» donc qu’elle ne se limite pas au seul couple mutations/sélections mais qu’il existe un facteur très important dans l’évolution de nouvelles adaptations à savoir la dérive génétique. Il paraît de prime abord surprenant de mentionner la dérive génétique pour expliquer l’apparition de nouvelles adaptations tant celle-ci renvoie à juste titre à une évolution que l’on qualifierait de non-adaptative. Oui mais non nous dit Michael Lynch. En effet Michael Lynch rappelle que la dérive génétique mène à la fixation de nombreuses mutations qui n’ont soient aucun effet sur les organismes en question ou alors même à la fixation de mutations faiblement délétères mais parvenant donc malgré tout à se fixer au sein de certaines populations voir même chez certaines espèces.

Ainsi le généticien Michael Lynch a rédigé une critique détaillée du papier que Michael Behe avait rédigé avec David Snoke, Michael Lynch rappelant que Michael Behe ne prend pas en compte comme il se doit la dérive génétique. Michael Lynch rappelant que de nombreuses mutations peuvent se fixer au cours des générations au sein des populations d’organismes. Ces mutations pouvant pour certaines constitué les fameuses étapes intermédiaires susceptibles de mener parfois à l’apparition de nouvelles fonctions (voir schéma précédent). Michael Lynch rappelant donc à juste titre que ces nombreuses mutations qui se fixe par la simple dérive génétique sont souvent neutre sur le plan sélectif.

Michael Behe et David Snoke répondirent aux critiques de Michael Lynch en affirmant que celles-ci n’étaient pas valides notamment parce que leur «argumentation» (celle de Michael Behe et David Snoke) partait du postulat que les étapes intermédiaire étaient délétères et donc ne pouvaient perdurer au sein des populations car éliminer par la sélection naturelle. Mais donc de par leur réponse à Michael Lynch, Behe et Snoke confirment la pertinence de la critique faite par Michael Lynch, car contrairement à leur postulat de départ de nombreuses mutations sont neutres sur le plan sélectif et se fixe au sein des populations les faisant divergées les unes des autres au fil des générations. Mieux Michael Behe peut même constater que des mutations rendant des gènes inactifs peuvent se fixer au sein des populations d’organismes multicellulaires complexes. Michael Behe l’admet lui-même dans son livre «The Edge of Evolution» où il cite lui-même l’exemple du pseudogène nommé GULOP, ce pseudogène est issu d’un gène fonctionnel nommé GULO et qui permet aux organismes qui en sont pourvu de synthétiser eux-même leur vitamine C. Or le gène GULO a muté et a donc été rendu inactif chez de nombreux des primates (dont nous-mêmes) et qui fait que contrairement à la majorité des mammifères nous sommes obligés de nous procurer la vitamine C par notre alimentation. Cela prouve que la dérive génétique ou encore ce qu’on appelle également l’évolution neutre, peut mener à la fixation de nombreuses mutations neutres sur le plan sélectif voir même faiblement délétères car menant à la perte de certaines fonctions pourtant utiles. Cela allant dans le sens de l’argumentation du généticien Michael Lynch et aillant été confirmé par d’autres études notamment une étude suggérant que certaines adaptations peuvent passer par des stades intermédiaires où les organismes seraient porteurs de variations génétiques délétères conférant parfois un pont potentiel pouvant mener à des innovations adaptatives.

Mais malgré ces différentes explications contredisant son idée d’évolution intrinsèquement limité, en bon représentant de l’organisation créationniste nommée «Discovery Institute» Michael Behe refuse bien évidemment d’admettre que son argumentation est d’une grande faiblesse et même dans une certaine mesure fallacieuse. En effet dans un article qu’il a rédigé sur l’un des sites de propagande du «Discovery Institute», Michael Behe mentionne deux choses concernant l’évolution des populations d’analysé dans l’expérience de Lenski. Premièrement Par exemple Michael Behe affirme que l’étude de Joseph Thorton ou encore celle de Richard Lenski, confortent son idée de macroévolution grandement limitée car les deux études en question démontrent comment une nouvelle protéine et/ou adaptation nécessite parfois la fixation préalable de plusieurs mutations neutres et/ou faiblement délétères sur le plan sélectifs. Bref Michael Behe se réfère des études ayant montré l’existence de contraintes dans l’évolution des organismes, cela confortant ce même Michael Behe a affirmé que cela va dans le sens d’une évolution limitée.

Le problème étant ici que Michael Behe ne voit que des contraintes là où il existe également des opportunité puisque donc si il faut que plusieurs mutations neutres aient lieu pour l’apparition de certaines adaptations cela est donc bel et bien observé par le dénommé Richard Lenski que Michael Behe cite lui-même. En effet Richard Lenski a constaté qu’une lignée de bactéries nommées Escherichia coli, a acquis une variation bénéfique sur un gène nommé rpoB et qu’une autre lignée ne l’a pas acquise quand bien même aillant évolué dans un milieu similaire. Richard Lenski ayant mis en avant que si la deuxième lignée n’a pas pu acquérir cette variation c’est parce qu’elle n’avait pas au préalable vu se fixer une mutation neutre particulière. Michael Behe déduit que cela prouve que l’évolution est limité alors qu’en réalité cela prouve simplement l’existence de contraintes évolutives particulières, car ce n’est pas parce qu’une lignée n’a pas acquis la variation bénéfique sur le gène rpoB que la lignée en question n’a pas évolué et/ou ne peut pas évolué. Cela ne peut d’ailleurs non plus pas être invoqué comme impossibilité de l’évolution de variations bénéfiques demandant plusieurs mutations dans la nature. Mais donc pour valider son idée d’évolution limité Michael Behe ressort le fait majorité des mutations adaptatives de l’expérience de Richard Lenski, correspondent à des pertes de fonctionnalités, or là encore comme cela a déjà été expliqué plus haut cela ne constitue pas une réfutation de la complexification des organismes vivant dans la nature.

Aussi Michael Behe baratine mais ne justifie jamais son idée via des éléments concrets (comme par exemple une population d’organismes qui n’évolueraient plus car ayant atteint la limite imaginaire que Michael Behe semble promouvoir) pire il n’intègre pas à son raisonnement des élément importants à commencer par le fait que dans la nature les populations organismes voient s’accumuler dans leur génome de nombreuses mutations neutres voir même faiblement délétères représentant autant de conditions préalables potentielles à l’apparition d’adaptations complexes.

Il y a d’ailleurs une réflexion personnelle que je tiens à ajouter et qui constitue selon moi une faiblesse majeure de l’argumentation de Michael Behe est de n’avoir jamais pu montrer l’existence de la moindre limite en matière d’évolution. En effet lorsqu’une population d’organisme se divise en deux populations, celles-ci divergent évoluant chacun de son côté en accumulant diverses mutations pour la plupart neutre et se fixant au gré de la dérive génétique. C’est quelque chose d’indéniable. Michael Behe doit le savoir, or si les mutations continuent à s’accumuler nous atteindrons irrémédiablement un degré de divergence génétique correspondant à celui qui sépare l’homme du chimpanzé et d’avantage au fil des dizaines de millions d’années.

Notons également que contrairement à Casey Luskin il semble bel et bien que Michael Behe admette que l’homme et le chimpanzé soient apparentés c’est-à-dire qu’ils partagent un ancêtre commun. Nous savons que nous partageons plus de 98% de notre ADN avec le chimpanzé (environ 96% si l’on considère comme les différences dans le nombre séquences dupliquées mais donc nous parlons de séquences identiques donc 98,5% reste un chiffre valide). Michael Behe ne nie donc pas qu’une population ancestrale a divergé en deux sous-populations l’une ayant mené au Chimpanzé et au Bonobo, l’autre ayant mené à l’espèce humaine ainsi qu’au diverses espèces d’hominidés aujourd’hui disparues.

                     

Michael Behe admet que l’homme et le chimpanzé partagent un ancêtre commun. D’autre part Michael Behe n’a jamais nié et/ou démontré que deux populations séparé l’une de l’autre pendant des millions d’années ne vont pas accumuler chacun de nouveaux variant génétiques aboutissant à une séparation similaire à celle que l’on observe chez les deux espèces ci-dessus et plus encore si la divergence se poursuit pendant des dizaines de millions d’années. Mais donc si pareille divergence génétique dont les effets peuvent donc de toute évidence être important sur la biologie des espèces (la majorité de protéines du chimpanzé et de l’homme diffèrent sensiblement) et que Michael Behe ne nie pas et/ou n’apporte aucun élément réfutant les multiples élément avérant pareille divergence entre deux populations séparée pendant plusieurs millions d’années, alors c’est que Michael Behe a bel et bien échoué à amener le moindre élément réfutant la macroévolution.

Michael Behe admet également que sur une période comprise entre 5 et 10 millions d’années de nombreuses mutations aient pu se fixer et jamais il n’a prétendu que pareille lapse de temps n’est pas suffisant pour voir apparaitre la divergence génétique que nous constatons entre l’homme et le chimpanzé. Michael Behe ne peut non plus pas nier que chaque nouveau-né humain est porteurs de plusieurs dizaines de mutations et peut-être même entre 150 et 175 nouvelles mutations, et que donc les populations aient ainsi pu divergé. Michael Behe ne peut non plus pas nier le fait que si les protéines présentes chez le chimpanzé et l’humain sont très similaires elles présentent néanmoins pour la grande majorité de menus différences non sans conséquence sur la biologie des deux espèces concernées. Enfin Michael Behe n’a jamais pu et ne peut démontrer que le paquet de variations génétiques différenciant l’homme du chimpanzé soit apparu autrement que par les mécanismes aillant cours en génétique des populations. Michael Behe nous propose-t-il une méthodologie pour nous montrer en quoi au moins certaines des divergences génétiques entre l’homme et le chimpanzé n’ont pas pu apparaitre et se fixer par mutation + sélection + dérive génétique? Comment Michael Behe peut-il affirmer que cela n’aurait pas pu se faire selon ces mécanisme alors que les divergence génétiques entre populations se font selon ces mécanismes observé et que mieux encore ces mécanismes sont également responsable des divergences protéiques existant entre les différentes populations/individus humains eux-mêmes?

Si Michael Behe n’a aucune élément réfutant le fait observé voulant que deux populations séparées l’une de l’autre vont divergé en accumulant au fil du temps de nouvelles variations chacune de leur côté et si il admet que des mutations neutres peuvent se fixer et se fixent continuellement au fil du temps et que parfois même des mutations faiblement délétères peuvent se fixer, alors ce même Michael Behe n’a amener aucun argument probant de l’existence d’une limite à l’évolution ou encore de l’impossibilité de la complexification du vivant.

L’idée centrale de Michael Behe selon laquelle l’évolution serait limitée ne se base donc sur rien de concret si ce n’est une mauvaise compréhension probablement volontaire, des mécanismes ayant cour en génétique des populations ainsi que sur une habile gymnastique rhétorique.

Références:

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