Yi qi: Un dinosaure aux ailes de chauve-souris?

La paléontologie nous a déjà gratifié de nombreuses surprises, et les dinosaures n'ont pas été en reste. Cependant dans le registre du bizarre et de l'inattendu le dernier venu, ayant fait l'objet d'une publication dans la prestigieuse revue « Nature » [1], crève littéralement le plafond! Trêve d'introduction pompeuse, Mesdames et Messieurs je vous présente Yi qi.

Image 1. Reconstitution artistique de Yi qi. Notez que la disposition exacte de la membrane demeure cependant incertaine (voir Image 3).

Que dire? Premièrement bien que le nom binomial attribué à ce spécimen soit en mandarin (Yi = aile et qi = étrange), il est, une fois n'est pas coutume, très facile à retenir et à écrire. Et cela en plus de parfaitement correspondre au spécimen ainsi nommé, c'est le moins que l'on puisse dire! Pour le reste observez le fossile en question (cliquez sur l'image pour agrandir).

Image 2. Fossile du spécimen nommé Yi qi, notez la magnifique conservation des plumes.

Magnifique n'est-il pas? Franchement qu'avons nous de plus étrange à ce jour qu'un dinosaure à plumes doté d'une tige osseuse semblable à celle des ailes des chauves souris, des ptérosaures et même à celles des membres antérieurs d'écureuils volants tels que Petaurista leucogenys? Car oui comme le montre le diagramme ci-dessous, cet étrange dinosaure devait disposer d'une membrane semblable aux animaux susmentionnés. Bref Yi qi, était un dinosaure à plumes ne volant (ou planant), non pas grâce ses dites plumes, mais bel et bien grâce à des membranes semblables à celles de nos chauves-souris!

Image 3. a, b et c: Trois possibles dispositions de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière. d: Aile de chauve-souris. e: Aile d'oiseau. f: Aile de ptérosaure. g: Membrane de l'écureuil volant Petaurista leucogenys.

À partir de là il n'y a pas grand chose à ajouter, si ce n'est que, comme le montre les schémas ci-dessus, la disposition de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière, demeurent incertaines. Donc prudence sur la disposition de la membrane. Enfin notons que Yi ki a été classé non sans raison dans le clade des Scansoriopterygidae (Image 4), clade comprenant déjà le très original Epidexipteryx hui.

Image 4. Phylogénie simplifiée des Coelurosauria et plus exactement de Paraves, montrant la position phylogénétique attribué à Yi qi au sein de ce clade. Notons que cette phylogénie est toujours susceptibles de possibles modifications.

Dernière remarque, hormis d'être à ce jour le seul dinosaure connu à disposer de pareilles tiges osseuses, il est peu probable qu'il s'agisse d'un ancêtre des oiseaux. En revanche ce dinosaure atypique montre que les Maniraptoriens ont expérimenté différentes évolutions pour un mode de déplacement similaire, à savoir le vol, ou tout du moins le vol plané. Alors que certains tels que Archaeoptéryx, Microraptor gui puis les oiseaux à proprement parler, développèrent des rémiges élaborés ; d'autres Maniraptoriens développèrent des membranes (soutenues entre autre par une tige osseuse ou cartilagineuse) semblables à celles des Chauves-souris et des Ptérosaures!

Décidément les dinosaures n'ont pas fini de nous surprendre!

Référence:

XU, Xing et al (2015), A bizarre Jurassic maniraptoran theropod with preserved evidence of membranous wings, Nature

Un crâne qui simplifie l'évolution humaine?

Crâne du petit dernier découvert sur le site de Dmanisi. [1]

Récemment la découverte d’un nouveau crâne sur le célèbre site de Dmanisi en Géorgie a mis un saint coup de pied à l’arrière train de certains paléoanthropologues ayant la sale manie de nommer une nouvelle espèce d’Hominidé à chaque fois qu’ils découvrent un nouveau fossile. Ce fut d’ailleurs parfois le cas avec les premiers fossiles de Dmanisi souvent nommés Homo georgicus c’est-à-dire en usant d’une nomenclature habituellement réservée à une espèce à-part-entière. Or bien évidemment même si les divers représentant fossiles du genre Homo diffèrent de manière plus ou moins sensible rien ne permet d’affirmer qu’ils n’étaient pas interféconds. Rien ne permet souvent d’exclure le fait qu’ils aient pu être les simples «variations régionales» d’une seule et même espèce.

Exemple de construction phylogénétique de différents fossiles de représentants du genre Homo. Cette inférence phylogénétique basée sur les caractères morphologiques des dits fossiles n'est pas dénoué de tout fondement, mais hélas elle demeure hautement spéculative et incertaine car ayant des bases extrêmement fragiles lié à un faible échantillonnage et une ignorance des variations intra-spécifique et même intra-populationnelles. Car certains des représentants fossiles du genre Homo représentés ici pourraient appartenir à une seule et même espèce et avoir été reliés par de nombreux flux de gènes ce qui rendrait le présent arbre phylogénétique inexact et obsolète!

Plus généralement nous ignorons également les liens et distances de parentés entre les différents spécimens fossiles retrouvés et les hypothétiques populations auxquelles appartenaient ces derniers. Heureusement certains paléoanthropologues en sont parfaitement conscients et ne tombent pas de le travers consistant à nommer une nouvelle espèce à chaque nouveau fossile d’Hominidé trouvé. Ainsi je me souviens avoir lu une interview du paléoanthropologue Fred Spoor datant de 2007, dans laquelle il identifiait déjà les fossiles de Dmanisi comme étant ceux d’une simple variante régional d’Homo erectus et précisant que selon lui les variantes africaines d’Homo erectus souvent appelées Homo ergaster appartenaient probablement à la même espèce que celle des différents Homo erectus asiatiques, Homme de Dmanisi compris.

Reconstitution numérique de cinq crânes issus du même site de Dmanisi, on remarque que ceux-ci diffèrent de manière importante les uns des autres. Le petit dernier découvert (tout à droite) aurait été classé comme étant une espèce distincte s’il avait trouvé dans une autre région notamment dans un autre continent.
 
Gare aux conclusions hâtives
 
Or le petit dernier découvert à Dmanisi dans des strates estimés aux alentours de -1.8 millions d'années, pousse le bouchon encore plus loin, ce fossile rappelant que les représentants humains issu d’une même espèce (et non pas forcément des «variation régionales» très éloignés géographiquement) peuvent avoir d’importantes variations phénotypiques. [1] De plus sa petite capacité crânienne rapproche pas mal le petit dernier d’Homo habilis suggérant carrément selon certains que les fossiles d’Homo habilis devraient eux-aussi être ranger dans la même espèce ou la même lignée qu’Homo erectus. Ce qui est possible. Malheureusement cela semble pousser les auteurs de la publication de la revue «Science» décrivant le fossile, à un léger raccourci. En effet ils suggèrent que les premiers représentant du genre Homo ne formerait qu’une seule et même lignée humaine! Quand j'ai lu ceci j'ai instictivement pensée à cela:

 

Or bien sûr cela est faux! Et heureusement les auteurs de la publication en question ne souscrivent pas à une vision aussi caricaturale et simpliste de l'évolution de la lignée Humaine. Le truc c'est que par «lignée» les auteurs semblent entendre «espèce», c'est-à-dire ici un ensembles de différentes populations interfécondes fussent-elle phylo-géographiquement passablement éloignée les unes des autres. Or bien évidemment le terme «lignée» ne renvoie en réalité à aucune subdivision précise pas plus que le terme «population». Ainsi deux familles issues d’un même village peuvent être considérées comme deux lignées distinctes. Mais personnellement dans le cadre d'une discussion sur l'évolution humaine, par «lignées» j’entendrais plutôt deux ou plusieurs populations humaines séparées par plusieurs dizaines ou même centaines de milliers d’années d’évolution avec ce que ça comporte comme divergences génétiques et probables divergences phénotypiques malgré l'interfécondité des populations en question. Et la découverte de ce nouveau fossile ne permet en rien de stipuler qu’une seule lignée humaine existait à l’époque selon cette dernière définition et cela quand bien même les différentes lignées étaient probablement interfécondes. Et donc rien ne permet d'affirmer que certaines de ces lignées n'aient pas disparues sans laisser de descendance. À ce titre je renvoie les lecteurs intéressés au très intéressant et tout aussi excellent billet du paléoanthropologue John Hawks à ce sujet! Vous remarquerez que même en partant du principe réaliste et probable voulant que toutes les populations du genre Homo aient été interfécondes, rien ne permet d'affirmer que nous pouvons résumer le début de l'évolution du genre Humain à une seule lignée (si l'on a en tête la définition du mot «lignée» que j'ai donné ci-dessus). Et encore moins affirmer comme le rapportent certains médias, que notre évolution serait plus simple que ce que l'on pensait jusqu'alors, encore une fois voir cet excellent article de John Hawks pour faire la part des choses!

Une nécessaire prudence

De plus la prudence que nous devons avoir face à cette nouvelle découverte est de mise car certes il est tout à fait possible et même probable que les fossiles de Dmanisi appartiennent à la même espèce ou mieux encore à une seule et à une même lignée humaine. Mais il est également possible qu’ils appartiennent à des représentants d’au moins deux populations humaines déjà passablement divergentes l’une de l’autre. Après tout à titre de comparaison Neandertal et Homo sapiens ont probablement partagé les mêmes territoires en Europe et au Moyen-Orient par le passé. Et même s’ils étaient probablement interféconds ils représentaient deux populations humaines qui avaient déjà passablement divergé l’une de l’autre par le passé. Aussi rien ne nous permet d’exclure que nous avons sur le même site, des représentant du genre Homo appartenant à des lignées bien distinctes séparées par plusieurs centaines de milliers d’évolution.

À gauche crâne d'Homme Anatomiquement Moderne à droit crâne de Néandertalien. Les Hommes anatomiquement modernes se sont probablement métissés dans une certaine mesure avec les Néandertaliens, l’ADN de ces derniers se baladant très probablement toujours au sein des populations humaines actuelles. [2] Pour autant nous pouvons malgré tout considérer Sapiens et Neandertal comme deux lignées différentes et cela même si ces deux lignées ne se sont pas formellement séparées l’une de l’autre (avec peut-être de grosses surprises quant au relations phylogéographiques des différentes sous-populations de Neandertal et de Sapiens de l’époque). Cela a pu être le cas pour les représentants antérieurs du genre Homo tels que Homo habilis et Homo erectus.

Ainsi que les fossiles de Dmanisi appartenaient au non à une seule et même lignée et/ou population humaine, l'évolution du genre humain fut probablement complexe avec des populations se déplaçant, divergeant génétiquement, se retrouvant, entrant en compétition les unes aux autres, certaines en remplaçant d'autres tout en se mélangeant avec elles dans une certaine mesure et ainsi de suite. Un peu comme ce que soupçonnent les scientifiques avec les Hommes Anatomiquement Modernes et Neandertal.

Le Boxeur Russe Nikolay Valuev demeure un excellent rappel quant à la variabilité morphologique importante que l’on peut trouver au sein d’une seule et même population humaine!

Mais donc une fois ces dernières mises au point faites, les fossiles de Dmanisi nous rappellent que les membres d’une même population et donc d’une même lignée peuvent différer de manière importante sur le plan morphologique. Cela rendant hautement spéculatives et incertaines certaines constructions phylogénétiques et taxonomiques faite à partir des quelques fossiles d'Hominidés dont nous disposons aujourd'hui!
 
Références:

[1] David Lordkipanidze et al (2013), A Complete Skull from Dmanisi, Georgia, and the Evolutionary Biology of Early Homo, Science

 
[2] Richard E. Green et al (2010), A Draft Sequence of the Neandertal Genome, Science

Erreurs, critiques, et conneries!

Bien sûr qu’il existent toujours aujourd'hui!

La rédaction de ma thèse prenant davantage de temps que je ne l’avais initialement imaginé, je ne peux guère alimenter correctement mon blog. Par chance une connaissance virtuelle du site «rationalisme.org» m’a gratifié de constructives critiques pour au moins deux articles de mon présent blog. Et comme on ne progresse pas sans s’exposer à la critique autant les retranscrire ici tant bien que mal avec mes mots en espérant être fidèle à ces dernières.

Ce n’est pas la sélection naturelle, ce n’est pas la dérive génétique donc c’est….

Dans ce précédent article j’étais revenu sur l’importance que pouvais revêtir la dérive génétique, notamment sur le fait que celle-ci pouvait expliquer la proportion relativement importante d’allèles plus ou moins délétère chez certaines populations humaines. Hélas je me suis en partie planté dans certaines de mes explications/illustrations. Ainsi j’ai par exemple cité l’exemple de Gengis Khan (qui a eu de nombreux descendants) pour illustrer l’expansion d’allèles sans que ceux-ci aient se soient répandus car «codant» un hypothétique phénotype ayant pu être positivement sélectionné. Le problème c’est que je me suis servi de cet exemple de Gengis Khan pour illustrer la très grande importance que pouvait avoir la dérive génétique dans les changements de fréquence allélique. C’est vrai la dérive génétique peut grandement impacter les fréquences allélique, problème l’exemple de Gengis Khan n’est pas vraiment celui d’une dérive génétique tout comme elle n’est pas vraiment l’exemple d’un cas de sélection naturelle!

Mais alors c’est quoi? Je n’ai pas trouvé de terme approprié pour décrire la chose, tout ce que nous pouvons dire c’est que parfois, notamment au sein de l’espèce humaine, certains allèles peuvent se répandre massivement pour des raisons politiques, sociales et/ou militaires, sans que les dits allèles n’aient un quelconque effet phénotypique conférant un quelconque avantage aux organismes qui les possèdent! Certes les plus avisés ont déjà entendu parler de «Genetic Hitchhiking» ou «Genetic Draft», c’est-à-dire d’allèles neutres ou même faiblement délétères augmentant en fréquence parce qu’associés à des allèles conférant eux de réels avantages à l’organisme. Mais ici c’est encore différent car nous parlons donc d’allèles augmentant massivement en fréquence pour des raisons autre, à savoir ici sociales ou politiques bref pour des caractéristiques acquises et non innées. Ainsi cette année il y avait une intéressante publication sur une mutation nommée EDAR370A (qui donc est un allèle spécifique du gène nommé EDAR) responsable de certaines caractéristiques physiques de nombreux asiatiques (notamment une poitrine féminine réduite, des cheveux plus épais et un nombre plus important de glandes sudoripares) [1], et qui aurait par le passé c’est-à-dire il y a moins de 30'000 ans, rapidement augmenter en fréquence. Bien évidemment les chercheurs ont tout de suite poser l’hypothèse voulant que l’allèle se serait répandu via un mécanisme sélectif mais est-ce vraiment le cas? Alors sélection naturelle, dérive génétique, «Genetic Draft» ou simple expansion de l’allèle suite à des expansions démographique ayant des causes purement «culturelles»? On ne peut pas vraiment le savoir!

 

Carte présentant la distribution géographique de l’allèle EDAR370A! Comment expliquer l’expansion de la mutation EDAR370A en Asie de l’Est? La seule réponse honnête que l’on peut donner est qu’on ne sait pas pourquoi cet allèle s’est répandu!

Bref dans certains cas ce n’est pas de la dérive génétique mais ce n’est pas vraiment de la sélection naturelle non plus, donc c’est….Je laisse les éventuelle personnes avisées donner le terme adéquats à ces événements particuliers impactant de manière importante la distribution des allèles au sein des populations humaines ou non.

La sélection hiérarchique de SJ. Gould, une insipide pirouette rhétorique?

 Stephen Jay Gould était capable du meilleur comme du pire!

La présente question mérite également d’être posée en effet dans ce précédent article j'avais exposé et même, à mes dépends, pris partie en faveur de la Théorie hiérarchique de Stephen Jay Gould. Et comme je pouvais m’y attendre ma connaissance virtuelle précédemment mentionnée, n’y est pas allé par quatre chemins en soulignant que la théorie hiérarchique de SJ. Gould, celle consistant à considérer les espèces comme des entités individuelle en parlant de «Sélection de l’Espèce», semble avant tout un insipide abus de langage rhétorique comme son histoire de «poissons optimal» opposé au «poisson médiocre» aux pages 929 et 930 de son «Opus Magnum». [2] Ces abus de langage rhétorique venant probablement du fait que SJ. Gould en tant que paléontologue collait des termes comme «naissances», «durée» de vie et «mort» sur les espèces qu’il identifiait dans le registre fossile (on peut rajouter que déterminer des espèces dans le registre fossile n’est pas sans poser certains problèmes). Or si ces termes peuvent paraître légitime comme illustrations métaphoriques c’est autre chose en matière de concept théorique. Certes j’avais mentionné l’exemple des tigres infanticides en montrant que si la sélection naturelle favorisait individuellement les tigres tuants les petits qui n’étaient pas de lui, il maximisait alors son succès reproductif mais que cela pouvait en contrepartie nuire à l’espèce à partir du moment que celle-ci voit ses territoires disponibles se réduire dangereusement. Problème j’avais omis qu’au final la sélection se pratique néanmoins sur les individus et non pas sur l’espèce entière sachant que dans mon exemple le tigre infanticide voit certes son succès reproducteur augmenté mais en contrepartie et toujours au niveau de l’individu, le tigre dont les petits ont été tués voit son succès reproducteur diminuer. Dit autrement avons-nous besoin d’une conception hiérarchique? Peut-être, encore faudrait-il la définir mieux que l’a fait SJ. Gould, ce dernier se laissait souvent aller à de pompeuses et illisibles digressions rhétoriques. De plus même en admettant qu'un fait connu, à savoir que l’air de répartitions des populations d’une espèces, les flux de gènes entre elles, etc, etc..., puisse avoir un impact positif ou négatif sur le succès à long terme de la dite espèce, au final ce sont toujours les individus qui sont soumis à des pression sélectives, ce sont les individus qui sont adaptés ou non à d’éventuels changements de milieux et qui laissent in fine ou non des descendants.

Je m’arrêterais là pour la brève critique de ce qui fut probablement le pire de SJ. Gould par opposition à ses intéressantes réflexions sur les contraintes développementales et ses critiques du «programme adaptationniste».

Toi aussi repousse les chemtrails avec du vinaigre!

Ben oui après avoir admis mes erreurs et bourdes autant soulager mon égo blessé en rappelant qu’il y a pire que ma petite personne (oui je sais il y a aussi mieux beaucoup mieux même), ci-dessous une vidéo qu’avait généreusement posté CerberusXt de Nioutaik, montrant une femme pensant repousser les méchants pas beaux chemtrails situés à des kilomètres (à haute altitude) de sa maison, en giclant de l’acide acétique dans son jardin!

 
Top 6 des théories du complot les plus ridicules du monde

À ce titre notez l'état de la pelouse de la dame! Coïncidence? Je ne pense pas! De quoi douter de l’espèce humaine!

Références:

[1] Yana G. Kamberov et al (2013), Modeling Recent Human Evolution in Mice by Expression of a Selected EDAR Variant, Cell

[2] Stephen Jay Gould (2002), La structure de la théorie de l’évolution, Éditions Gallimard 2006

Origine des oiseaux: Une solution nommée Aurornis xui?

 Reconstitution d'Aurornis xui

En bon fan des dinosaures, et plus encore des dinosaures à plumes, je n'ai guère pu passer à côté de la récente publication consacré à un nouveau venu, le dénommé Aurornis xui! Et comment le rater au rgard du titre de la publication qui lui est consacrée, à savoir:«A Jurassic avialan dinosaur from China resolves the early phylogenetic history of birds» [1]! Rien que cela!

C'est donc sans hésiter j'ai sauté sur la publication en question en allant directement observer la phylogénie proposée. Et effectivemment c'est du lourd, car le dénommé Aurornis xui serait le représentant le plus basal des Avialae! En d'autre terme et pour ceux qui aiment que l'on soit clair Aurornis xui serait l'Avialae connu qui serait le plus proche (phylogénétiquement parlant) du dernier ancêtre commun partagé par les Troodontidés (comme Troodon) et Archaeoptéryx. Plus fort encore les Troodontidés seraient eux-même phylogénétiquement plus proches des oiseaux qu'il ne le sont des Dromaeosauridés (comprenant notamment le célèbre Vélociraptor). Donc «exit» le taxon des Deinonychosauriens qui devient alors paraphylétique! Mieux Aurornis xui, non seulement par sa position phylogénétique mais également de par sa morphologie (bon faut dire que la première est déduit de la seconde), serait un excellent modèle de ce à quoi devait ressembler le dernier ancêtre commun des Avialae, en question! Et histoire de bien comprendre tout cela observons la phylogénie proposé par l'étude en question!

Diagramme phylogénétique des Paraves selon la nouvelle étude de Pascal Godefroit et al (2013), notez la position d'Aurornis xui à la base du taxon des Avialae, donc tout près du dernier ancêtre commun d'Archaeoptéryx (et plus généralement de l'ensemble des oiseaux) et des Troodontidés. Notons aussi la position d'Anchiornis huxleyi parmi les Avialae et non pas parmi les Troodontidés où il fut précédemment classé [2]. Et surtout notez que les Troodontidés sont classés comme étant phylogénétiquement plus proches des oiseaux que des Dromaeosauridés! Enfin notez la position de Balaur bondoc initialement classé parmi les Dromaeosauridés mais qui se retrouve ici parmi les Avialae. Mais bon concernant Balaur bondoc j'en rediscuterai à la fin du présent message

Il faut dire que pour cette nouvelle étude nous sommes particulièrement gâtés, car un des coauteurs de celle-ci n'est autre qu'Andrea Cau paléontologue italien et blogueur actif de la blogosphère dinosaurienne! Et comme on pouvait s'y attendre Andrea Cau amène diverses précisions concernant son étude sur son excellent blog! En effet concernant la morphologie d'Aurornis xui, Andrea Cau précise que la morphologie de ce dernier est extrêmement semblable au modèle hypothétique nommé Proavis qu'avait proposé Gregory Scott Paul comme représentant le plus basal de la gente avienne! Ce modèle pro-avien hypothétique datant de 2002, se basait alors déjà sur les divers critères morphologiques des Paraves alors connus à l'époque, afin d'estimer ce à quoi devrait probablement ressembler le dernier ancêtre commun des Avialae et des autres Paraves.

Comparaison du «modèle hypothétique» de Proavis de Gregory Scott Paul en (A) et du squelette d'Aurornis xui en (B). Andrea cau note que ces deux spécimen l'un hypothétique et l'autre réel, ont des proportions étrangements similaires, cela le confortant dans l'idée qu'Aurornis xui soit effectivemment le plus basal représentant du clade des Avialae! Notons que ce potionnement phylogénétique d'Aurornis xui, repose également sur l'analyse de nombreux caractères morphologiques!

Tout cela semble donc étrangement concordant et donc ferait bel et bien d'Aurornis xui, le représentant le plus basal des Avialae connu à ce jour! Cependant l'étude vient tout juste de paraître et souvenons-nous que ce n'est pas la première fois que la découverte d'un nouveau dinosaure à plumes remet en cause les phylogénie précédentes. Comme l'avait souligné Lawrence M. Witmer les différences espèce du groupe des Paraves vont nous paraître de plus en plus similaires les unes aux autres au fur et à mesure que nous nous rapprocherons de leur ancêtre commun. [3] Mais cela risque également de complexifier les reconstructions phylogénétiques et on le voit bien aujourd'hui, puisque que ce n'est pas la première fois que la découverte d'un nouveau dinosaure à plumes remet en cause la position phylogénétique de dinosaures à plumes y compris celle du très célèbre Archaeoptéryx! [4]

Balaur bondoc, What the fuck?

Pour ceux qui l'ignoreraient Balaur bondoc est un mystérieux Maniraptorien se caractérisant notamment par un Hallux anormalement grand. Balaur bondoc fut initialement classé comme étant un Dromaeosauridé atypique en raison même de la «faucille» caractéristique des Dromaeosauridés que forme la griffe de son deuxième doigt de pied! [5] Or dans la présente étude  Pascal Godefroit et al (2013) voilà maintenant que nous retrouvons Balaur bondoc classé parmi les oiseaux et pas parmi les plus basaux de ces derniers puisqu'il serait même phylogénétiquement plus proche de Sapeornis que d'Archaeptéryx! Andrea Cau comprend que ce revirement phylogénétique puisse surprendre mais pourtant assure que c'est ce qui ressort d'une pris en compte d'un grand nombre de caractères et souligne à juste titre que ce n'est pas la première fois que des scientifique reclassent Balaur bondoc parmi les oiseaux! Pour autant concernant Balaur bondoc je suis doublement sceptiques parce que ce fossile est la fois très atypique et très incomplet et donc je pense que l'on aurait mieux fait de s'abstenir de le prendre en compte dans cette étude de Pascal Godefroit et al (2013), mais bon je peux me tromper!

Ossements et reconstitution partielle de Balaur bondoc, on remarque ses caractéristiques particulières que sont une réduction du troisième doigts de ses membres antérieurs, ainsi que son doigt de pied numéro 1 (Hallux), très développé tellement développé qu'il rappelle la «faucille» formés du deuxième doigts.

Et donc sans rejeter la reconstruction phylogénétique proposé ici par Pascal Godefroit et al (2013), je pense qu'il nous faut rester très prudent car il ne serait guère surprenant que très prochainement le fossile d'un nouveau Paraves ne bouleverse de nouveau la phylogénie de ces derniers! Aussi dès à présent j'attends avec impatience les futures réactions et commentaires des divers scientifiques de la blogosphère dinosaurienne. Les reconstructions phylogénétiques d'Andrea Cau seront peut-être vertement critiquées bien que je pense que certains afficheront simplement un très sain scepticisme sans pour autant nier la possibilité voir même la probabilité non-négligeable qu'Aurornis xui soit réellement un représentant basal du clade des Avialae! Nous verrons bien dans tous les cas un nouveau venu parmi les dinosaure à plumes c'est toujours une bonne nouvelle qu'on se le dise!

PS: Merci au rédacteur de Sciences & Avenir qui a cité mon précédent article sur la position incertaines d'Archaeoptéryx! Petite mise au point cependant si l'auteur de l'article concerné venait à me lire: Vous dites que Archaeoptéryx est présenté comme un ancêtre dans ce diagramme, or cela est inexacte, Archaeoptéryx est simplement présenté, à juste titre, comme un oiseau basal disparu, à savoir une lointain cousin, mais non un ancêtre direct à proprement parler.  Il en va de même pour  Aurornis xui, que vous présentez comme un ancêtre alors qu'il n'est probablement lui aussi qu'un proche cousin de l'ancêtre commun des Avialae et par extension proche de l'ancêtre commun des oiseaux et des Troodontidés. Car même si il est théoriquement possible qu'Aurornis xui soit un ancêtre direct il est bien plus probable qu'il ne soit qu'un cousin qu'un réel ancêtre des oiseaux.

Références:

[1] Pascal Godefroit et al (2013), A Jurassic avialan dinosaur from China resolves the early phylogenetic history of birds, Nature

[2] Dongyu Hu et al (2009), A pre-Archaeopteryx troodontid theropod from China with long feathers on the metatarsus, Nature

[3] Lawrence M. Witmer (2009), Feathered dinosaurs in a tangle, Nature

[4] Xing Xu et al (2011), An Archaeopteryx-like theropod from China and the origin of Avialae, Nature

[5] Zoltán Csiki et al (2010), An aberrant island-dwelling theropod dinosaur from the Late Cretaceous of Romania, Proceedings of the National Academy of Sciences

Poiscaille versus Dessein Intelligent

La théorie de l'évolution selon Madame Garrison de South Park! Cliquez ici pour voir la vidéo!

Je suis masochiste je ne peux m'empêcher de me faire du mal! Non pas en me mutilant à l'aide de lames de rasoire ou en m'amusant à éteindre des cigarettes sur mon avant-bras, non je fait bien pire et plus tordu que cela puisque je me force à lire toutes les salades pseudo-scientifiques réparties un peu près partout sur le Net! Ainsi je consulte souvent les sites des créationnistes adeptes du «Dessein Intelligent», j'y ai déjà consacré divers articles. Or récemment un article particulièrement amusant du créationniste Casey Luskin sur les Cœlacanthes, a attiré mon attention. Peu après la publication de cet article clownesque, le biologiste PZ Myers publia une réfutation détaillée des inepties de Casey Luskin. Au départ je n'avais pas pensé rédiger un billet sur ces joyeuses inepties créationnistes, cependant un détail a attiré mon attention. Mais avant d'entrer dans le vif du sujet voyons dans quel contexte de situe cette amusante prise de tête.

Cœlacanthe africain Latimeria chalumnae

Récemment une publication décrivant des analyses détaillées du génome de cœlacanthes africains, a beaucoup fait parler d'elle, car soutenant l'idée d'une «évolution plus lente» (notez les guillemets) des dits cœlacanthes par-apport aux tétrapodes que nous sommes. [1] Bien évidemment cette publication a fait l'objet de divers commentaires et critiques en plus des nécessaires rappels sur le caractère fallacieux du terme de «fossile vivant» pour parler des actuels Cœlacanthes. [2] Et pour davantage de détails sur le cœlacanthe ainsi que sur cette affaire je vous recommande les deux articles suivants de deux membres du C@fé des Sciences:

Un bon fossile est un fossile mort!

Beaucoup de gènes et un peu de gêne pour un fossile vivant : le retour du cœlacanthe

Bien évidemment dès qu'il y a quelques remous intellectuels dans la «blogosphère scientifique» et plus exactement «évolutionniste», les créationnistes tentent de s'y immiscer pour tenter de faire croire au plus grand nombre que l'idée même de l'évolution serait mise à mal (alors que les débats scientifiques sont tout ce qu'il y a de plus normal et de plus sain en Science)! Et à ce titre le créationniste Casey Luskin pense sincèrement avoir trouvé LA preuve mettant à mal l'idée même de fililation commune entre les espèce ou plus exactement notre filiation commune avec les cœlacanthes. Pour ce faire Casey Luskin se réfaire notamment à une donnée particulière de la récente étude du génome du cœlacanthe africain, à savoir les gènes codant une catégorie d'anticorps nommés Immonuglobuline W ou IgW. La particularité de l'IgW est d'être présent chez les poissons cartilagineux (Chondrichthyens), et chez les Cœlacanthes. En revanche l'IgW est totalement absent chez les Téléostéens et chez les Tétrapodes! Or Casey Luskin affirme qu'en se basant sur les gènes codant l'IgW nous obtenons une phylogénie des vertébérés en totale désaccord avec les phylogénies communément admises.

Phylogénie des vertébrés si l'on se base que sur la présence ou l'absence du caractère IgW. On remarque que l'arbre phylogénétique obtenue ne correspond pas du tout à la phylogénie communément admise. Casey Luskin pensant à tort que cela remettrait en question l'évolution en tant que telle!

Bien évidemment nous savons tous qu'on ne peut établir une phylogénie en se basant sur un seul caractère, qu'il soit génétique ou morphologique, car bien évidemment au niveau individuel des convergences évolutives ont lieu comme ici la perte des gènes IgW ayant eu lieu de manière indépendantes chez les Tétrapodes et chez les ancêtres des Téléostéens. C'est ce que rappel PZ Myers et donc l'objection de Casey Luskin est risible! Cependant j'ai remarqué que PZ Myers a omit un point important du «raisonnement» de Casey Luskin. Car voilà celui-ci semble en réalité admettre le fait qu'un caractère unique puisse être perdu deux fois de manière indépendante dans deux différentes lignées. Non En réalité Casey Luskin développe un «argument» bien plus étrange pour affirmer que la perte IgW ne tiendrait pas, et histoire de bien comprendre ce que ce créationniste affirme illustrons ces propos en image!

Phylogénie des poissons osseux selon Casey Luskin pour qui «le compte-rendu standard de l'évolution» stipulerait que les Téléostéens ont commencé à se diversifié avant l'apparition des Sarcoptérygiens. On remarque que selon ce scénario les Téléostéens formeraient donc un groupe paraphylétique. Et donc la perte des gènes IgW constaté chez les Téléostéens devraient donc s'être produit plusieurs fois de manière indépendant au sein de plusieurs lignées de Téléostéens. Problème Casey Luskin raconte n'importe quoi et donc se plante donc complètement!
 
Bon ok qu’est-ce que cette endive de Casey Luskin tente de démontrer ici? Simplement que la perte des gènes IgW chez les poissons à nageoires rayonnées (Téléostéens) serait problématique car selon lui cela impliquerait que ce gène ait été perdu de manière indépendante dans de multiples lignées de Téléostéens et non pas une fois chez un des ancêtres communs de ces derniers! Pourquoi? Parce que selon lui les téléostéens se seraient diversifiés avant que la branche des Sarcoptérygiens ne bifurque des autres, donc avant que la dite branche des Sarcoptérygiens ne voit le jour! Ce qui impliquerait selon le «raisonnement» de Casey Luskin, que les Téléostéens formeraient un clade paraphylétique! Or cette erreur particulièrement grossière de Casey Luskin est inexcusable sachant qu'il utilisait lui-même ce diagramme ci-dessous montrant que les Téléostéens forment bel et bien un clade monophylétique.

Phylogénie classique des vertébérés, avec mention des pertes du caractères IgW chez les ancêtre des Téléostéens et chez les ancêtres des Tétrapodes.

Et donc pas besoin d’évoquer de multiples pertes des gènes IgW de manière indépendante chez diverses lignées de Téléostéens! Certes certains connaisseurs en phylogénie des vertébrés peuvent noter que les poissons à nageoires rayonnées ne se limitent pas aux seuls Téléostéens mais inclue également l'ensemble des Actinoptérygiens. Mais cela ne change rien à l'affaire puisque les Actinoptérygiens (représentés en grande partie mais pas uniquement par les Téléostéens) forment également un groupe monophylétique. [3] La perte du gène IgW ayant très bien pu avoir eu lieu une seule fois durant l’évolution des Actinoptérygiens!

Phylogénie de la plupart des vertébérés. Il apparaît clairement que les Actinoptérygiens tout comme les Téléostéens (qui font partie des Actinoptérygiens) forment aussi un clade monophylétique. [3]

Et donc comment expliquer cette erreur particulièrement grossière de Casey Luskin? Certes la stupidité et la mauvaise foi de ce dernier sont sans aucun doute à blâmer, mais il y a  probablement selon moi un troisième facteur entrant en compte, à savoir une vision gradiste et obsolète de l'évolution. Ainsi malgré la fait que ce cher Casey Luskin avait déjà le diagramme phylogénétique correct sous les yeux, il a néanmoins réussit à en voir les poissons Téléostéens comme un véritable «marche-pied évolutif» des vertébrés! Pour plus d'informations sur la question des «marche-pied évolutif» voir ce précédent article! Je ne vois pas d'autre explication pour avoir commis une erreur aussi grossière...enfin aucune à part la stupidité et la mauvaise fois avérées du bonhomme! Mais aller assez parler poissons, et finissons cette longue et pédante tirade sur une sympathique vidéo des Monty Python mettant en scène des Poissons Téléostéens!



Références:

[1] Chris T. Amemiya et al (2013), The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution, Nature

[2] Didier Casane and Patrick Laurenti (2013), Why coelacanths are not 'living fossils': a review of molecular and morphological data, Bioessays

[3] Ricardo Betancur-R et al (2013), The Tree of Life and a New Classification of Bony Fishes, PLoS ONE

Mésanges tueuses et Dinos à plumes

Entre une Mésange Charbonnière (Parus major) et un Vélociraptor il y a davantage de points communs que vous le pensez! À droite la magnifique reconstitution d'un Vélociraptor attaquant un Protocéraptos est l’œuvre du paléo-artiste Peter Schouten!

Qui n’a pas déjà vu ces petits passereaux très communs chez nous? Ils sont si beaux, si mignons et aux petits piaillements si délicats? Je parle bien sûr des Mésanges Charbonnières! Ah ces chères Mésanges Charbonnières, petits passereaux insectivores et granivores, qu’il est toujours agréable d’avoir dans son jardin n'est-il pas? Vous pouvez même leur y installer des nichoirs et avec un peu de chances certains viendront y établir leur nid. Ce qu’en revanche vous ignorez sans doute c’est qu’alors vous accueillerez dans votre propriété des animaux potentiellement sanguinaires, de redoutables prédateurs sans pitié aucune!

Hein quoi? Pourtant on parle bien de Mésanges Charbonnières pas de Pies-grièches adeptes de l’empalement de proies! Hélas la mésange charbonnière elle aussi est capable d’une cruauté et d’une violence propre aux plus redoutables prédateurs! C’est par le paléontologue Darren Naish (d'autres francophones de la toile ici et là ayant cependant déjà noté cela avant moi) que j’ai appris toute la vérité sur nos (pas si) adorables mésanges charbonnières, vérité dont témoigne parfaitement une des victimes de ces mésanges (voir image ci-dessous)!
 

Chauve-Souris mise à mort et dépecer par des mésanges charbonnières! Notez que ces dernières ont privilégié le cerveau de leur victime!

Ca fout un coup n’est-il pas? Certains pourront me rétorquer «Oui mais peut-être que les mésanges ne font que dépecer des Chauves-Souris déjà mortes ou alors s’attaquent-t-elles qu’à des Chauves-Souris mourantes»! À cela je réponds Que Nenni! L’image ci-dessus provient d’une étude faite par une équipe de chercheurs, Péter Estók et al (2009) [1], dont les membres ont observé et décrit les modes opératoires qu’utilisent les mésanges charbonnières pour traquer les Chauves-Souris dans leurs crevasses avant de froidement tuer ces dernières. Impitoyables nos mésanges semblent exploiter à leur profit les cris émises par les Chauves-Souris lorsque celles-ci se réveillent (même brièvement). Ce qui est autant ironique que tragique étant donné que ces cris semblent avoir d’habitude la fonction inverse, à savoir dissuader et repousser certains prédateurs mammifères des Chauves-Souris. [2] Mais donc loin de dissuader les mésanges, ces cris permette au contraire à ces passereaux assoiffées de sang d’identifier la position exacte de leurs victimes qu’elles n’auront plus ensuite qu’à tuer, dépecer et dévorer avec une préférence pour la cervelle de leurs dites victimes!

Sizerins flammés (Acanthis flammea) tués par des mésanges charbonnières. Plus d'informations sur le blog «Tetrapod Zoology» de Darren Naish.

Mais un avocat zélé de nos mésanges rétorquerait que le comportement prédateur de ces dernières, ne s’exprime que dans des conditions extrêmes à savoir en hiver lorsque le froid et le manque de nourriture se font cruellement sentir! Après tout c'est également dans certaines circonstances particulières, par exemple en cas de sécheresse, que certains «Pinsons de Darwin» pourtant granivores se transforment en véritables vampires, alors bon que des mésanges tuent quand il fait froid avec rien à bouffer d'accord mais cela n'a peut-être lieu que dans des situations exceptionnelles.  C’est sans doute en partie vrai, hélas comme le souligne l’étude de Péter Estók et al les mésanges charbonnières n’hésitent pas à mobiliser leur talent de tueuses durant la belle saison, mettant à mort d’autres oiseaux dans le cadre de compétions pour les meilleurs lieux de nidifications! [3] Bien évidemment nous savons déjà tous que certains oiseaux sont de redoutables prédateurs mais que cela vienne de petits passereaux semblant parfaitement inoffensifs cela peut en surprendre plus d'un y compris votre serviteur!

Tueurs à plumes!
 
Les mésanges charbonnières nous rappellent donc que même les plus petits et apparemment inoffensifs des passereaux, peuvent s’avérer être les plus redoutables des tueurs, mais si vous êtes un lecteur régulier du présent blog, ou simplement un passionné de bio-évolution, cela doit vous rappeler qui étaient les plus proches cousins de nos oiseaux, à savoir les redoutables Deinonychosauriens (aussi appelés communément «raptors»)! À ce titre Darren Naish souligne que les passereaux s’adonnent parfois à de violentes bagarres «à la Vélociraptor».

 

Mésanges charbonnières en plein combat.

Dit autrement nos amis à plumes même les plus petits, duveteux et si mignons puissent-ils nous paraître, n’en sont pas moins les dignes héritiers des redoutables prédateurs Deinonychosauriens du Mésozoïque! Cela m’amenant à une dernière réflexion, ou plutôt à un coup de gueule! Oui un coup de gueule contre ceux qui prétendent que la présence de plumes chez les dinosaures rendrait ces derniers moins effrayants! Certains pensant réellement qu'un  «raptor» recouvert de plumes n'aurait plus grand intérêt car ne ferait plus peur et, comme me l'avait signalé Ethaniel, reviendrait même chez certains à véritablement briser un rêve d'enfance!

Certes ce genre de réactions vis-à-vis des dinosaures à plumes m'amuse, mais parfois comme c'est le cas pour Brian Switek cette hostilité pour ne pas dire mépris à l’encontre des dinosaures à plumes m’agace au plus haut point car pourquoi diable un «raptor» serait-il moins effrayant parce que couvert de plumes? Souvenez-vous des œuvres des mésanges, précédemment citées, mais essayez également de vous représenter, comme l’a dit Brian Switek, un «raptor» en train de laver son plumage du sang de son dernier forfait! Ou mieux encore souvenez-vous des possibles modalités de mise-à-mort qu’impliqueraient (peut-être) les avant-bras emplumés des «raptors». [4]

Petite BD de xkcd comics et reconstitution d'un Deinonychus en pleine capture et mise à mort de sa proie, issue de l'étude de PLoS ONE mentionnés dans la BD ci-dessus! [4]

Et avec ça certains affirment que les plumes rendraient les «raptors» moins effrayant c’est à n’y rien comprendre! Bref pour la justice que nous nous devons de rendre aux dinosaures et plus spécifiquement aux Deinonychosauriens, n’oubliez pas que ces derniers avaient des plumes. Et vu que «Jurassic Park 4» continuera très probablement à nous montrer des «raptors» sans plumes il ne faudra pas compter sur moi pour aller voir ce film qui ne rendra donc nullement justice à ces fascinants dinosaures!*

* Oui je sais que beaucoup justifient cette absence probable de plumes par la contrainte de la «continuité scénaristiques». Pour eux le quatrième opus de la franchise «Jurassic Park» ne peut se permettre de montrer des «raptors» à plumes car ces derniers n'en avaient pas durant les précédents opus de la saga. Mais bon l'intérêt de «Jurassic Park» en 1993, était justement qu'il mettait en scène des dinosaures correspondant aux avancées de la «Renaissance des Dinosaures» (malgré des inexactitudes non-négligeables pour certains dinosaures). Or là le quatrième opus de «Jurassic Park» va probablement assoir son noble postérieur sur deux décennies d'avancées scientifiques pour nous montrer des «raptors» à peau uniformément écailleuse ne correspondant donc nullement à ce que nous savons aujourd'hui de ces animaux et participera donc à diffuser une image fausse de ces fascinants animaux auprès du grand public! Quel gâchis!

Références:

[1] Péter Estók, Sándor Zsebők and Björn M. Siemers (2013), Great tits search for, capture, kill and eat hibernating bats, Biology Letters Royal Society Publishing

[2] K.A.Martin and M.B. Fenton (1978), Possible defensive function for calls given by bats (Myotis lucifugus) arousing from torpor, Canadian Journal of Zoology

[3] Juha Merilä and David A. Wiggins (1995), Competition for Nest Holes Causes Adult Mortality in the Collared Flycatcher, The Condor

[4] Denver W. Fowler et al (2011), The Predatory Ecology of Deinonychus and the Origin of Flapping in Birds, PLoS ONE